EÜ Fen Fakültesi Astronomi Bölümü'nde öğretim üyesi olarak görev yaptığı dönemde, ''fakültenin matematik bölümü öğrencilerinden F.N.G'nin, başörtülü olması nedeniyle okula girmesini engelleyerek "eğitim öğrenim hakkını ihlal ettiği'' suçundan aldığı hapis cezası onanan Prof. Dr. Pekünlü, avukatı Murat Fatih Ünlü aracılığıyla, önce Anayasa Mahkemesi'ne (AYM) başvurdu.
AYM, 23 Ocak 2014 tarihli kararında, "adil yargılanma hakkı", "kanunsuz suç ve ceza olmaz" ilkelerinin ihlal edildiği gerekçesiyle yapılan başvuruyu "açıkça dayanaktan yoksun" gerekçesiyle reddetti.
Bunun üzerine avukat Ülkü, "Anayasa'yı uygulamak istediği için hapse mahkum edildiğini" belirttiği Pekünlü'nün "adil yargılanmadığı" gerekçesiyle bu kez AİHM'e başvurdu.
Ülkü, başvuru dilekçesinde, Prof. Dr. Pekünlü'nün anayasayı ve Anayasa Mahkemesi kararlarını uygulamak amacıyla başörtüsüyle üniversitelere girmek isteyen öğrencileri uyardığını ve tutanak tuttuğunu, bu yüzden de 2 yıl 1 ay hapis cezası aldığını belirterek, şu ifadeleri kullandı:
"Hukuksal sürecin önümüze koyduğu bu sonuca inanamadık, inanmak istemedik. AYM kendi içtihadına sahip çıkar dedik ve AYM'ye bireysel başvuru hakkını kullandık. AYM, öyle bir karar verdi ki, 'bu olayın benim içtihatlarımla ilgisi yok' dedi. Hatta 2008'deki 'üniversitede türbana izin veren Anayasa değişikliğini iptal eden içtihatını yok saydı. Gelinen noktada, Türk yargısı, AYM kararlarına inanan, bu kararların anlam verdiği anayasa hükümlerini uygulamak isteyen bir astronomi profesörünü cezaevine atacak olmanın yüküyle karşı karşıya. Şok edici bir sonuç. AYM kararlarını ve anayasa hükümlerini uygulamaya çalışmak, 'hukuka aykırı ' ve 'suç' sayılıyor. Adil yargılanma hakkı ve kanunsuz suç ve ceza olmaz ilkesi yerle bir edildi."
Üniversite öğrencisi F.N.G, öğretim üyelerinden Prof. Dr. Esat Rennan Pekünlü tarafından 2012 yılı Haziran ayında fakülte binasına başörtülü olarak girişinin engellendiği ve cep telefonuyla fotoğrafının çekildiği iddiasıyla savcılığa suç duyurusunda bulunmuş, 4. Asliye Ceza Mahkemesi'nde görülen davada Pekünlü'ye 2 yıl 1 ay hapis cezası verilmişti.
Pekünlü'nün avukatı Murat Fatih Ülkü'nün kararı temyiz etmesi üzerine dosya Yargıtay'a gönderilmiş ve karar onanmıştı.
Dava sürecinde YÖK'ün başlattığı soruşturma sonucunda görevden alınan Prof. Dr. Rennan Pekünlü emekliye ayrılmıştı.
