Büyükçekmece Cumhuriyet Başsavcılığı Fetullahçı Terör Örgütü'ne (FETÖ) ilişkin, Fatih Üniversitesi'nin bir kısım çalışanlarının FETÖ mensubu darbeci askerlerle fikir ve eylem birliği içerisinde hareket ettiği ve örgüte mensup oldukları yönünde kuvvetli delilere ulaşılması üzerine, kayyumlar hariç daha önce çalışan öğretim üyeleri ve personeller hakkında, ''Türkiye Cumhuriyeti Anayasası'nın öngördüğü düzeni ortadan kaldırmaya veya bu düzen yerine başka bir düzen getirmeye veya bu düzenin fiilen uygulanmasını önlemeye teşebbüs'' ve ''silahlı örgüt'' suçlarından soruşturma açtı.
Büyükçekmece 5. Asliye Hukuk Mahkemesi, 9 Haziran'da Vakıflar Genel Müdürlüğü'nün talebi üzerine Fatih Üniversitesinin kurucusu Türkiye Sağlık ve Tedavi Vakfına kayyum atanmasına karar vermişti.
Üniversite, FETÖ'nün darbe girişiminin ardından Yükseköğretim Kurulunda (YÖK), Olağanüstü Hal Kapsamında Alınan Tedbirlere İlişkin Kanun Hükmünde Kararnameyle kapatılmıştı.
