Paralel Yapı, Hrant Dink suikastının ardından Ergenekon soruşturmalarına da el atarak 2010'daki referandum sonucu HSYK, Adalet ve İçişleri Bakanlıklarının da kilit noktalarını almıştı. Ancak asıl hedefi MİT olan Paralel Yapı, başta Hakan Fidan olmak üzere birçok MİT elemanını İran ajanı ve KCK irtibatlı olmakla suçladı.
MİT'i ele geçiremeyeceğini anladıktan sonra önce 17-25 Aralık operasyonlarını başlattı. Yolsuzluk iddiasıyla bertaraf edilemeyen hükümete daha sonra “terör destekçisi hükümet" algısı yerleştirilmek için 1 Ocak'ta Hatay'da MİT tırları durduruldu. Ardından İHH'nın Kilis Ofisi El Kaide bağlantısı iddiasıyla polis operasyonuna maruz kaldı. Sonradan tırların durdurulmasının Selam Tevhid davası çerçevesinde yapıldığı ortaya çıktı.
Dünyaya Selam Tevhid örgütünün silahlarının MİT tırlarında olduğu, MİT'in de devlet hizmetinde bulunan bir yapı değil, tamamen terör örtüyle iş birliği içinde çalışan bir yapı olduğu imajı verildi.
Terörle Mücadele Mahkemeleri'nin yaptıkları soruşturmalar çerçevesinde Başsavcı Vekili Oktay Erdoğan, 17-25 Aralık operasyonlarının yer aldığı bütün dosyaları incelemeye başladı. İncelemeler sonucu 17-25 Aralık'ta kullanılan dosyaların TMK sistemine girilmediği ortaya çıktı. Başsavcı Vekilini şok eden olay ise dosyaların içinde yer alan “Kudüs Selam Tevhid terör örgütü" ibaresiydi. Üstelik üzerine el yazısıyla “Erdoğan, Nasrallah ve Amedinejad" isimleri yazılmıştı.
Skandal haber Yeni Şafak manşete taşınıp, dosya kapsamında özel hayatına müdahale edilerek dinlenen yüzlerce mağdur şikâyetçi olunca da Selam Tevhid'de kumpas davası başlamış oldu.
Paralel Yapı, İslamcıların Ergenekon'u olarak adlandırabileceğimiz bu davayı hem MİT hem devlet yönetimindeki alanları boşaltabilmek için kullandı. Amaç devlet yöneticilerini suçla bağlantılı hale getirip, terör örgütü üyeliği, casusluk gibi suçlamalarla sistem dışına iterek kendi adamlarını yerleştirmekti. En büyük sorun ise amaca giden her yolu meşru görmeleriydi…
Fetullah Gülen'in avukatının duruşmada “Olayı bu kadar abartmasalardı 100 kişiye operasyon yapılacaktı. 10 milyar para hazırlanmıştı operasyon için. Fakat şimdi 25 milyar harcandı" gibi ifadeler kullanması; avukatların kaç kişiye ne zaman operasyon yapılacağı, operasyon için ne kadar harcanacağı gibi özel bilgilere nereden ulaştığı, dosyada olmayan bilgilere nasıl vakıf olduğu sorularını da beraberinde getiriyor.
