İstanbul Emniyet Müdürlüğü görevini 20 ay 10 gün yürüten ve seçim hükumetinde İçişleri Bakanı olarak atanan Selami Altınok'un makamına kimin vekalet edeceği belli oldu. İstanbul Terörle Mücadele Şube Müdürlüğü, Bomba İnceleme ve İmha Şube Müdürlüğü ve Tanık Koruma Şube Müdürlüğü'nden sorumlu İl Emniyet Müdür Yardımcısı ve 1. Sınıf Emniyet Müdürü Mustafa Çalışkan, Altınok'tan boşalan makama vekaleten atandı. Çalışkan, 17 Aralık sonrası Terörle Mücadele Şube Müdürlüğüne getirilmiş ve kısa süre sonra ise Terörle Mücadele, Bomba İnceleme ve İmha ile Tanık Koruma şube müdürlüklerinden sorumlu il emniyet müdür yardımcılığına atanmıştı.
Altınok'un makamına vekalet edecek olan Çalışkan'ın paralel yapıya yönelik etkin mücadele sergilediği ve başarılı operasyonlara imza attığı biliniyor. Çalışkan döneminde ''Paralel Devlet Yapılanması''na yönelik sürdürülen soruşturmada ''casusluk'' ve ''yasa dışı dinleme'' yaptıkları tespit edilen emniyet personeline yönelik operasyonlar düzenlendi. 22 Temmuz 2014'teki operasyonda eski İstanbul Terörle Mücadele Şube müdürleri Ömer K. ve Yurt A. ile eski İstanbul Mali Suçlarla Mücadele Şube Müdür Yardımcısı Kazım A, eski İstanbul Asayiş Şube Müdürü Ertan E, eski İstanbul Emniyet Müdür Yardımcısı Ali Fuat Y'nin de aralarında bulunduğu 106 kişi gözaltına alınmıştı.
PKK'ya yönelik İstanbul'da yapılan operasyonlarda Çalışkan döneminde yüzlerce örgüt militanı gözaltına alındı. Terör örgütü PKK'nın gençlik yapılanması YDG-H militanlarına yönelik başlatılan seri operasyonlarda, örgütün planları deşifre olurken, gözaltına alınan çok militan tutuklandı.
Mustafa Çalışkan, 17 Aralık darbe girişimi sonrasında İstanbul Terörle Mücadele şube müdürü olmuş ve sonraki atamalarda terörden sorumlu emniyet müdür yardımcısı olarak atanmıştı. Bu atamanın ardından ise paralel yapının yayın organları Zaman ve Bugün gazeteleri, Çalışkan'ı hedef alan haberler servis etmişti.
