Ermenileri Osmanlı idaresine karşı topluca ayaklandırmayı hedef olarak belirleyen Hınçak komitesi, Ermeni toplulukları içinde yoğun bir faaliyet ağı geliştirir. Yine benzeri amaçlar doğrultusunda 1890 yılında Kafkasya'da Taşnaksutyun Komitesi kurulur.
Her iki komitenin faaliyetleri neticesinde 1890-96 yılları arasında çeşitli hadiselere ve ayaklanmalar cereyan eder. Erzurum, İstanbul, Kayseri, Yozgat, Merzifon gibi merkezlerde ayaklanmalar ve çatışmalar vuku bulur. Zeytun ve Sason ayaklanmaları ise daha büyük çapta cereyan eder. 1894'te Bitlis ve Muş civarındaki hadiselerle olaylar iyice kontrolden çıkar. Muş-Bulanık-Kop çevresindeki hadiseler Ermenilerle Kürtler arasında ciddi çatışmaların olduğu vakalardı. Muş Bulanık-Kop çevresinde Hınçak komitelerinin Kürtlere yönelik saldırılarında büyük artış görülür. Hınçak çeteleri, Kürt köylerinde Kürtlerin namuslarına el atarlar. Kürt kadın/kızlarını hedef alan seri tecavüz vakaları husule gelir. Bu saldırılara karşı Kürtlerin, özellikle bölgede etkin olan Kürt Hacı Musa Beğ ve çevresinin tepkisi çok sert olur. (Kürt Musa Bey Olayı, Musa Şaşmaz, Kitabevi, 2004; 1311-12 / 1894-1895 tarihlerinde Talori, Muş, Bitlis civarlarında çıkan Ermeni olayları ile ilgili yazışma suretlerini havi defter, İBB, Taksim Atatürk Kitaplığı, Bel_Yz_K.001014 ; )
1896 yılında Sultan II. Abdülhamid ayaklanmaların bastırılması sonrasında bir ıslahat planı uygular. Ermeni tebaanın ahvalinin iyileştirilmesine yönelik bir dizi tedbirler alınır. Bu tedbirler ve hatta vükelâ hey'etinde Ermeni nâzırların olması, Hıncak ve Taşnak Komitelerinin faaliyetlerini durduramaz. Yine bu tarihlerde bir kısım Kürt Aşiret ağalarına paşalık rütbesi verilmek suretiyle Hamîdiye alayları tesis edilir. Paşalık unvanı alan Kürt aşiret konfederasyonları ağaları ile aşiret kaymakamlarının uhdesinde silahlı aşiret milislerinden oluşan bu alaylar, Kürtlerin yanı sıra Karapapak ve bir kısım Arap aşiretleri içinde de oluşturulur. Urfa ve civarındaki Tayy aşiret konfederasyonu içinde oluşturulan Hamidiye alayları içerisinde en başta gelen Arap aşiretiydi. Kürtler arasında oluşturulan Hamidiye alayları içinde, Kör Hüseyin Paşa, Hacı Timur Paşa, M. Sadık Paşa idaresindeki Haydaranlılar, Mehmed Emin Paşa idaresindeki Hasenanlılar, Cibranlılar, Ertuşililer, Takori, İbrahim Paşa idaresindeki Milli aşiretleri ve Hacı Fettah Paşa idaresindeki Garzan aşiretleri başı çekmekteydi. Hınçak ve Taşnak komiteleri faaliyet ve eylemlerinde bu sefer Hamidiye alaylarına ait birlikleri ve köyleri hedef alırlar. Zaman zaman Kürt aşiret birlikleri ile Ermeni Hınçak ve Taşnak mensupları arasında çok şiddetli çatışmalar vuku bulur. ( Vladimir Mayéwski, Statistique des Provinces de Van Et de Bitlis, L'Imprimeire Militaire, Pétersbourg; Tercümesi: Van-Bitlis Vilâyetleri, Askeri İstatistiki, Terc. Süvari Binbaşısı Mehmed Sadık, Matbaa-i Askeriye, İstanbul, 1330)
Bu olaylar Rus ve Batılı vazifeli ve gözlemciler tarafından Ermenilerin lehine olarak Batılı ülkelere rapor edilir. ( J. Rendel Harris&Helen B. Harris, Letters From The Scenes Of The Recent Massacres In Armenia, London 1897)
Osmanlı coğrafyasında Ermeni olayları, Batılı devletler ve Rusya'nın faaliyetleri ve Hıncak/Taşnak komitelerinin eylemleri ile daha da kronik bir hal alır. Sultan II. Abdülhamid'i hedefe alan Yıldız Cam iinde Cuma namazı sonrasındaki süikast girişimi bu eylemlerin zirvesini teşkil eder.
Sultan II. Abdülhamid'e karşı çok sert bir muhalefet sergileyen örgütlü Ermeni grupları, 19. Yüzyıl sonu ile 20. Yüzyıl başında Sultan II. Abdülhamid'in devrilmesi için oluşan muhalif teşkilat ve gruplara tam destek verirler. Özellikle İttihad-Terakki ve Hareket Ordusu Ermeni örgütlerinin tam desteğini alır.
Jön-Türklerin 1908 ve 1909'da idareyi ele almalarının akabinde ise Jön-Türk idaresi ile Ermeni teşkilatları arasında ilkin özellikle bazı perde arkası mahfillerin çatısı altında ciddi bir işbirliği göze çarpar. Ancak Jön-Türk idaresinin merkeziyetçi ulus-devlet anlayışına yönelmiş olması, hatta Fırka hakimiyetine dayalı bir müstebitlik sergilemeleri ve İngilizler, Fransızlar ve Rusların iyice devreye girmesiyle, bu dengelerin tümü bozulur. Sultan II. Abdülhamid Han'ı Müstebid ve dengeleri bozmakla suçlayan Jön-Türk kadroları asıl kendileri müstebid ve tekçi bir sistem oluşturmaya heves ederek imparatorluktaki tüm siyasi ve toplumsal dengeleri iyice bozup kaosa yol açarlar . Tüm bu olanlar felaketler zincirine yol açan I. Cihan Harbi arefesinde cereyan eder.
