Biyokimyasal felaketten kurtulmuş olan Alice, bir yandan virüsü durdurmanın yollarını ararken, diğer yandan harabe şehir Racoon'dan kurtulmaya çalışmaktadır. Umbrella şirketinin deneylerine maruz kalan Alice olağanüstü güçlere sahip olmuştur. Umbrella'da daha önceden çalışmış ve işlerine son verilmiş birkaç kişi de Alice'e katılır. Bu grup aynı zamanda Umbrella şirketinin yeni yaratığı Nemesis'le de savaşmak zorunda kalır.