AB'ye aday ülkelerin elektronik ortamda yazışmalarını sağlamak amacı ile oluşturulan 'e-europa ve 'e-europa plus' sistemine entegrasyon çerçevesinde oluşturulan e-Türkiye projesi yüzünden hükümet ortağı MHP ile DSP arasında anlaşmazlık çıktı.

2000 yılında başlayan ve 2003 yılında tamamlanarak entegrasyona geçilmesi planlanan proje ile Türkiye, Avrupa Birliği ile yazışmalarını sanal ortamda gerçekleştirebilecek. Elektronik imza imkanını da sağlayan porjeye Türkiye'deki tüm kamu kurum ve kuruluşlarının uyum sağlayabilmesi için, Başbakanlık Müsteşar Yardımcısı Fusun Koroğlu başkanlığında bir komisyon oluşturuldu. Devlet Planlama Teşkilatı'nın (DPT) projesini hazırladığı, Dış Ticaret Müsteşarlığı, Adalet Bakanlığı, Milli Eğitim Bakanlığı ve Türkiye Bilimsel ve Teknik Araştırma Kurumu'ndan (TÜBİTAK) üyelerin katıldığı komisyon ilk çalışmalarını yapmaya başladı. Ancak çalışmaların yeterli olmadığına kanaat getiren TÜBİTAK, 24 Aralık 2001 tarihinde Bilim ve Teknoloji Yüksek Kurulu'nun 7. toplantısında sekretarya görevinin TÜBİTAK'a verilmesini kararlaştırdı. Kararda MHP lideri Bahçeli'nin etkisinin bulunduğu da iddia edildi.

Ancak TÜBİTAK'ın da şu ana kadar ilgili kamu kurum ve kuruluşları konudan haberdar etmemesi projenin 2003 yılına yetişmesini imkansız hale getirince AB Genel Sekreterliği tarafından TÜBİTAK'a uyarı verildi.