Müteahhitlik yaptığı dönemde Ankara'nın Çankaya semtinde inşaatına başladığı üç ayrı binaya ruhsat alamayan Koray Aydın'ın 1999'da bakan olduktan sonra inşaatlarına ruhsat aldığı ortaya çıktı.

Koray Aydın, Ankara'nın Çankaya semtinde 6 ayrı binanın inşaatına 1993 yılında başladı. Ancak Aydın, Çankaya Belediyesi'nden ruhsat alamadığı için bu inşaatlarını bir türlü tamamlayamadı. Tapuda Çukurca Mahallesi 26129 ada 2, 5 ile 26130 ada 2 parseldeki binaları için 1997 yılında ruhsat aldı. Koray Aydın geriye kalan 3 binasına ruhsat alabilmek için ise tam 6 yıl beklemek zorunda kaldı. Aydın 18 Nisan seçimlerinin ardından kurulan Bayındırlık Bakanı oldu. Aydın, kabinenin açıklanmasının üzerinden beş gün geçtikten sonra, 3 Haziran 1999 tarihinde geriye kalan üç binasına da ruhsat aldı. Koray Aydın, ruhsat almasının ardından inşaatları bakanlık yaptığı dönemde tamamladı.

Koray Aydın, hakkında kurulan soruşturma komisyonunda müteahhitliğini yaptığı bu binalarla ilgili sorulara muhatap oldu. SP Hatay Milletvekili Mustafa Geçer, "Müteahhitliğini yaptığınız binaların inşaatına 1993 yılında başlamanıza rağmen bu binaları bakan olduktan sonra bitirdiniz. Paranız olmadığı için mi bu binaları bakan olduktan sonra tamamladınız?" sorusunu yöneltti. Aydın bu soruya, "Binaların inaşaatlarına başlamama rağmen Çankaya Belediyesi ile ruhsat sorunu yaşadım. Bu ruhsatları almamın ardından binaları tamamladım" dediği öğrenildi.