Yüksek Askeri Şura'da, TSK'nın yeni komuta kademesi belirlendi. 2006'da Genelkurmay Başkanı olması beklenen Orgeneral İlker Başbuğ, Birinci Ordu Komutanlığı'na, Başbuğ'dan boşalan Genelkurmay İkinci Başkanlığı'na ise Ege Ordu Komutanı Orgeneral Işık Koşaner getirildi. NTV'nin haberine göre, Kara Kuvvetleri'nde NATO Askeri Temsil Heyeti Başkanı Korgeneral Ergin Saygun orgeneralliğe; Deniz Kuvvetleri'nde, Koramiral Metin Ataç oramiralliğe; Hava Kuvvetleri'nde de Genelkurmay Plan Prensipler Başkanı Korgeneral Aydoğan Babaoğlu, orgeneralliğe terfi etti. Oramiral Ataç, Deniz Kuvvetleri Komutanlığı'na atanan Oramiral Yener Karahanoğlu'nun yerine Donanma Komutanlığı'na; Orgeneral Saygun Kara Kuvvetleri Kurmay Başkanlığı'na; Orgeneral Babaoğlu da, Hava Kuvetleri Komutanlığı'na atanan Orgeneral Faruk Cömert'in yerine Harp Akademileri Komutanlığı'na getirildi. Birinci Ordu Komutanlığı'na getirilen Orgeneral İlker Başbuğ'un yerine Genelkurmay İkinci Başkanlığı'na Ege Ordu Komutanı Orgeneral Işık Koşaner getirilirken, Ege Ordu Komutanlığına da Kara Kuvvetleri Kurmay Başkanı Orgeneral Fethi Tuncel atandı.