Cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer, toplam dört sayfadan oluşan veto gerekçesinde, kamuoyunda da dile getirilen çelişkileri gündeme getirdi. Ağır ceza gerektiren bir çok suçun şartlı salıverme kapsamına alındığını belirten Sezer, hafif cezalar istenen bir çok suçun kapsam dışı bırakıldığını kaydetti. Tecavüz suçları kapsam dışı bırakılırken, tecavüze uğrayan şahsı katledenlerin şartlı salıverme kapsamına alındığını vurgulayan Cumhurbaşkanı, memurlarla ilgili 'görevi kötüye kullanma' konusundaki çelişkilere de değindi. Sezer, gerekçelerini şöyle açıkladı:

"Söz konusu yasada, üçlü bir sistem oluşturulduğu anlaşılmaktadır:

Hükümlülük sürelerinden on yıllık indirim yapılmasına karşın, çekmeleri gereken cezalar on yıldan fazla olanlar, on yıllık indirimden yararlanacakları gibi, çekilmesi gerekli ceza süresini tamamladıklarında, şartla salıvermeden de yararlanacaklardır.

On yıllık indirim yapıldıktan sonra hükümlülük süresi dolanlar, maddeye göre hükümlülük süreleri dolmasına karşın şartla salıverme rejimine tabi kılınacaktır.

Cezanın üst sınırı on yılı geçmeyen bir suç nedeniyle haklarında soruşturma başlatılanlar için de, dava açılması ya da davanın kesin hükme bağlanması ertelenecektir.

İlk iki sistemde çekilmesi gerekli ceza süresinin kısaltılması, üçüncü sistemde cezanın hiç çekilmemesi amaçlanmakla birlikte, bu sonuca, ilkinde, afla; ikincisinde, ceza indirimi sonucu şartla salıvermeden yararlanmak için çekilmesi gerekli ceza süresinde indirim yapılmasıyla; üçüncüsünde, davaların ertelenmesine olanak sağlanarak ulaşılmak istenilmiştir."