NATO Güneydoğu Avrupa Müşterek Komutanlığı (JCSE), Genelkurmay Başkanı Orgeneral Hilmi Özkök'ün katılımıyla 11 Ağustos 2004'de İzmir Şirinyer'deki Orgeneral Vecihi Akın Kışlası'nda yapılacak bir törenle kapanacak. Aynı kışlada, NATO Güney Avrupa Hava Unsur Komutanlığı faaliyete geçecek. İNATO'nun yeni askeri komuta yapısı uyarınca, NATO Güneydoğu Avrupa Müşterek Komutanlığı, İtalya'nın Verona kentindeki NATO Güney Avrupa Müşterek Komutanlığı ve Yunanistan'ın Larissa kentindeki NATO Güney-Merkez Avrupa Müşterek Komutanlığı ile birlikte kapandı. NATO Güney Avrupa Müttefik Hava Kuvvetleri Karargahı ise, Napoli'den İzmir'e taşınacak ve faaliyetini NATO Güney Avrupa Hava Unsur Komutanlığı adıyla sürdürecek.