Les orientations nouvellement définies par la transition ont permis au pays de reconquérir une grande partie du territoire autrefois sous l'emprise d'organisations terroristes ou de mouvements rebelles. La dernière avancée significative dans cette reconquête remonte au mois de novembre, avec l'entrée historique de l'armée à Kidal, une ville du nord auparavant contrôlée par les rebelles de la Coordination des mouvements de l'Azawad.
Adama Diarra, également connu sous le nom de Ben Le Cerveau, qui avait soutenu ouvertement la transition dès ses débuts, en a fait les frais. Le chef du mouvement "Yéréwoulo, debout sur les remparts" a été arrêté en 2023 pour avoir pressé les autorités maliennes d'organiser les élections dans les délais prévus, afin d'éviter de nouvelles sanctions de la part de la Cédéao contre Bamako, après celles consécutives au coup d'État militaire de mai 2021. Il a été condamné à une peine d'un an, dont six mois de prison ferme.
En plus des arrestations ciblées d’activistes pour leurs opinions divergentes, on assiste à une série de dissolutions d'organisations. Le Parti socialite-démocrate (PSDA), présidé par Ismaël Sacko, a été dissous dès juin 2023 après avoir critiqué la transition. En décembre de la même année, l'Observatoire pour les élections et la bonne gouvernance a subi le même sort, suite aux déclarations de son président, Oumar Sangho, contestant la légitimité du référendum de juin dans la région de Kidal et affirmant que l'élection présidentielle de février devrait se dérouler comme prévu.
La répression s’est également élargie aux mouvements associatifs. Le Parti africain pour la démocratie et l'indépendance du Dr Oumar Mariko a été dissous après que son leader a dénoncé des exactions militaires à Moura, dans le centre du pays, et critiqué la reconquête de Kidal, qu'il considère comme une violation de l'Accord d'Alger. De même, l'association Kaoural Renouveau a été contrainte de cesser ses activités pour des propos jugés subversifs envers les autorités de transition.
Il convient de rappeler que la transition malienne avait vivement protesté contre l'audience accordée par le président algérien Abdelmadjid Tebboune à l'Imam Dicko. Cette situation a entraîné une détérioration significative des relations diplomatiques entre les deux pays, au point de conduire les autorités maliennes à mettre un terme à l'Accord pour la paix et la réconciliation issu du processus d'Alger, signé avec des mouvements irrédentistes du nord en 2015. Alors que l'Imam Dicko prolonge son séjour en Algérie, ses proches dénoncent une campagne orchestrée par les militaires à son encontre.
