Karara Anayasa Mahkemesi Başkanı Mustafa Bumin, Başkanvekili Haşim Kılıç ile Yalçın Acargün, Sacit Adalı ve Rüştü Sönmez katılmadı. Bu üyeler karşı oy yazısında, SPY'nın 104. maddesinin Anayasa'ya aykırı olduğunu savundular. 104. maddenin, aynı yasanın emredici hükümlerine aykırılık halinde o partiye ihtar verileceğini, bunun gereği yerine getirilmezse kapatma davası açılacağını öngördüğü belirtilen karşı oy yazısında, şöyle denildi: "Oysa Anayasa'da, SPK'nun 104. maddesinde belirtilen durumlara aykırılık halinde herhangi bir kapatma yaptırımı belirlenmemiştir. SPY'nin 104. maddesinin Anayasa'ya aykırılığı açık olduğundan ya iptal edilmesi ya da ihmal edilmesi gerekir. 104. madde uygulanarak ihtar kararı verilse bile, bunun gereğini yapmayan parti hakkında Anayasa'ya göre kapatma yaptırımı uygulanamayacağından başvuru sonuçsuz kalacaktır. ... Böyle bir durumda ihtar kararı verilerek, partilerin Anayasa'da bulunmayan bir kapatma tehdidi altında tutulması demokrasinin vazgeçilmez kurumlarının hukuk güvenliğinden yoksun bırakılması sonucu doğurur" denildi. Erdoğan'ın aftan yararlanması gerektiğini savunan Başkan Bumin ve 4 üye, "Yurt dışına kaçan ve cezanın infazını engelleyen bir mahkum af yasasıyla her türlü hakkına kavuşurken, yasanın yürürlüğünden önce iyi niyetle gelip cezasını çeken diğer bir mahkumu yararlandırmamak adalet, eşitlik ilkesiyle bağdaşmaz. ... AK Parti Genel Başkanı'nın parti kurucu üyesi olmasında yasal bir engel bulunmadığı düşüncesiyle çoğunluğun görüşüne katılmıyoruz" dediler.