Konya Cumhuriyet Başsavcılığının, darbe girişiminin ardından FETÖ'ye yönelik başlattığı soruşturma kapsamında 3'üncü Ana Jet Üs Komutanlığı'na Konya ve İzmir'de eş zamanlı operasyon düzenlendi. Operasyonda hakkında yakalama kararı çıkan 47 askerden aralarında 2 albay, 1 yarbay, 3 binbaşı, 3 yüzbaşı, 1 üsteğmen ve 30 astsubayın bulunduğu 40 asker 'Anayasayı ihlal, Yasama Organlarını Engellemeye Teşebbüs, Hükümete Karşı İsyan, Türkiye Cumhuriyeti'ne silahlı isyan, FETÖ/PDY Silahlı Terör Örgütüne Üye Olmak, Örgüt Adına Faaliyette bulunmak' suçlamalarıyla gözaltına alındı. Şüphelilerin evleri ve 3'üncü Ana Jet Üs Komutanlığı'nda polis tarafından arama yapıldı.
Darbe girişiminin ardından 3'üncü Ana Jet Üs ve Garnizon Komutanı Tümgeneral Haluk Şahar, İstanbul'da gözaltına alınıp tutuklandı. Şahar'ın, darbe girişi sırasında Üssün Hava Harekat Komutanı Kurmay Albay Mustafa Ertürk'e, 4 F16 uçağınır hazırda bulunması emrini verdiği ortaya çıktı. Darbe girişiminin ardından hava üs komutanlığına yapılan ilk operasyonda Hava Harekat Komutanı Kurmay Albay Mustafa Ertürk ve Hava Kuvvetleri Muharebe Arama Kurtarma Timi (MAK) Komutanı Başçavuş Yılmaz Bahar'ın da aralarında bulunduğu 23 asker tutuklandı. Geçen 4 Ekim günü düzenlenen 2'nci dalga operasyonunda da 1 yarbay, 2 binbaşı, 1 yüzbaşı, 1 üsteğmen ve emekliye ayrılan 2 astsubayın da bulunduğu 21 asker tutuklandı.
3'üncü Ana Jet Üs Komutanlığı Muharebe Arama Kurtarma Tim (MAK) Timi Komutanı Başçavuş Yılmaz Bahar, darbe girişimi sabahı 7'şer kişilik 3 timle, ağır silahlarla donatılan üsse ait 6 araçla, 'Moda Deniz Kulübü'ndeki düğünde Hava Kuvvetleri Komutanı Orgeneral Abidin Ünal'ı korumaya gidiyoruz' diyerek Konya'dan İstanbul'a hareket etti. 3'üncü Ana Jet Üs Komutanlığı'ndaki darbe planının ikinci aşaması ise akşam saatlerinde gerçekleşti. Saat 17.00 sıralarında üsteki 135'inci MAK Filo Komutanı Yarbay Alparslan Şahin, filodaki askerlerin büyük bölümünü evlerine gönderip mühimmat deposundaki görevliyi değiştirdi ve deponun başına kendi ekibindeki görevliyi getirdi. Daha sonra iki helikoptere 4 makineli tüfek, yaklaşık 6 bin mermi ve altlarına füze savar sistemi yerleştirildi. Sonra 7'şer kişilik 3 tim saat 18.00 sıralarında İstanbul'a gidip diğer ekiplerle birlikte Moda Deniz Kulübü'ndeki düğüne baskın düzenlendi.
