İddianamede, örgüt üyelerinin Fetullah Gülen'i muhterem bir Mehdi/Mesih kabul ederek tanrılaştırdığı ifade edilirken, örgütün Ergenekon, Balyoz, Askeri Casusluk gibi soruşturmalarda hedef aldığı kişilerin hayatlarını kararttığı, onları yaşayan ölülere çevirdiği kaydedildi.
FETÖ'nün algılatıldığı gibi 'masum dini ve sivil bir toplum örgütlenmesi olmadığı' vurgulanan iddianamede, örgütün 'cebir ve tehdit' yöntemlerini kullanarak işlediği suçlar şöyle sıralandı:
-Necip Hablemitoğlu'nun öldürülmesi
-Danıştay saldırısı
-Van Cezaevi'nde tutuklunun intiharı
-MİT görevlisinin ölümü
-Yarbay Ali Tatar'ın intihar etmesi
-Tuğamiral Cem Aziz Çakmak'ın ölümü
-Kurmay Albay Murat Özenalp'in ölümü
-Hakim adayı Didem Yaylalı'nın ölümü
-Öğrenci Erkan Eryiğit'in ölümü
-Emniyet Genel Müdürlüğü Yöneticilerinin Tutuklanması
-Erzincan Cumhuriyet Başsavcısının Tutuklanması
-Tahşiye Davası
-Örgütün ayrıca, MİT TIR'larının durdurulmasına da imza attığı, örgüte himmet toplamak için cebir-şiddet uyguladığı, Cumhurbaşkanını tehdit ettiği de iddianamede yeraldı.
