Ziraat Türkiye Kupası yarı finalinde Medipol Başakşehir, konuk olduğu Fenerbahçe'yi 2-2'nin rövanşında aynı skorla berabere kalıp, penaltılar sonucunda yenerek finale yükseldi. 31 Mayıs'ta oynanacak final maçında Atiker Konyaspor'a rakip olan Başakşehir, Emre ve Holmen ile iki kez öne geçerken, sarı-lacivertliler Sow ve Ozan'la eşitliği sağladı. Penaltılarda Volkan Demirel, Visca'nın şutunu kurtardı, Mehmet Topal dışarı attı. Napoleoni direğe takıldı, Skrtel Volkan Babacan'ı geçemedi. Kaleci Babacan topun başına geçti direğe takıldı, Demirel ise dışarı attı. Son olarak Josef dışarı atınca Başakşehir finale çıktı. Mücadelede ilk golü Başakşehir buldu. 43'te Adebayor'un sağ kanattan verdiği pasla ceza sahası dışında topla buluşan Emre'nin plase şutu kaleci Volkan'ın müdahalesine rağmen ağlarla buluştu: 0-1. 71'de Fenerbahçe eşitliği yakaladı. Lens'in sağ kanattan yaptığı ortada Moussa Sow'un ceza sahası içinde gelişine ayak içiyle çektiği şut beraberliği getirdi:1-1.
86'da Mustafa Pektemek'in pasında ceza sahasında topla buluşan Holmen'in sol aut çizgisine yakın yerden sert şutu Volkan'ın kapattığı köşeden ağlarla buluştu ve Başakşehir bir kez daha öne geçti:1-2. Golden bir dakika sonra Fenerbahçe yeniden eşitliği sağladı. Van Persie'nin ceza sahası içine çevirdiği topta Ozan Tufan'ın vuruşunda top ağlarla buluştu:2-2. Maçın geri kalan bölümünde ve uzatmalarında iki takımın kalecileri de yaptığı kurtarışlarla mücadeleyi penaltılara taşıdı, gülen taraf Medipol Başakşehir oldu.
Fenerbahçe-Başakşehir, kupa maçında Emre Belözoğlu duygusal anlar yaşadı. Başakşehir'in tecrübeli yıldızı, maçın 42. dakikasında ceza alanı dışından yaptığı vuruşta, Volkan Demirel'in topu içeriye tokatlaması sonucunda takımını 1-0 öne geçirdi. Emre, eski takımına attığı golün ardından sevinmezken, arkadaşlarını da abartılı sevinç gösterisi yapmamaları yönünde uyardı. Golün ardından kafasını elleri arasına alan Emre, ağlamamak için de kendini zor tuttu. Bu arada Fenerbahçeli taraftarlar maç öncesi eski futbolcuları Emre Belözoğlu'na sevgi gösterisinde bulundu. Emre de lehine tezahüratlar yapan tribünlere alkışlarla karşılık verdi.
