Mimar Sinan'ın ustalık devri eseri olan Kılıç Ali Paşa Camii'ni Kaptanıderyâ Kılıç Ali Paşa, Mimar Sinan'a yaptırdı. Ser mühendisân-ı cihan mîmâr-ı bî akrân Mimar Sinan, bu camiyi Ayasofya'nın küçültülmüş bir modeli olarak inşâ etmişti. Cami, Ayasofya'nın küçültülmüş bir modeli gibidir lâkin Mimar Sinan bu camiyi Ayasofya'nın basit bir kopyası şeklinde değil de, onun eksik yönlerinin tamamlanıp, mimari yönden daha geliştirilmiş hali olarak yapmıştı.
Rivâyet edilir ki; Kılıç Ali Paşa, tüm kaptânıderyaların yaptığı gibi deniz kenarına bir cami yaptırmak istedi. (Osmanlı kaptanıderyaları hep deniz kenarlarına cami yaparlardı. Kılıç Ali Paşa, Sinan Paşa, Kaymak Mustafa Paşa vs. ) Bu arzusunu Sultan 3. Murat Hân'a arz ederek, kendisine yer göstermesini istedi. Sultan Murat latîfe edip 'Sen ki deryâlar serdârısın. Bir de benden kara toprak mı istersin. Camini dahi denize yapman münâsiptir' cevabı verince Kılıç Ali Paşa, bunun üzerine Tophâne'deki sâhilde, denizi doldurarak küçük bir yarımada oluşturdu ve câmisini bu yarımadaya kondurdu.
Bu câmi için en ilginç hâdiselerden biri ise şu: 7 Ekim 1571 tarihinde Korint Körfezi'nde yapılan İnebahtı Deniz Muhârebesi'nde Osmanlıya karşı savaşan haçlılar arasında meşhur bir de romancı vardı: İspanyol yazar Miguel De Cervantes. Şu “Don Kişot” isimli hikâyesiyle tanıdığımız Cervantes. “Yüzyılların gördüğü en büyük savaş” olarak nitelendirdiği İnebahtı deniz muhârebesinde sol kolu da sakat kalmıştı ünlü yazarın. Ama hikayenin daha öncesi var. 1569'da Madrid'de bir asilzâdeyi yaralayan Cervantes hakkında tutuklama kararı çıkarıldı. Sağ eli kesilecek ve 10 yıl sürgünde kalacaktı. Cervantes, elini kurtarmak için İtalya'ya kaçtı. Beş parasız olduğu için de orduya katılmaktan başka çâre bulamadı. 1571'de Osmanlı donanmasıyla yapılan İnebahtı Deniz Savaşı'na katılan Marquesa adlı kadırgada bulunan Cervantes, iki defa göğsünden yaralandı. Bir top güllesiyle de sol elini kaybetti. Madrid'den kaçan ünlü yazar, sol elini kaptırmıştı İnebahtı'da Osmanlı toplarına.
Hani sadrazamımız Sokollu Mehmet Paşa, Venedik elçisi Barbaro'ya: “Biz sizden Kıbrıs'ı alarak kolunuzu kestik. Siz ise donanmamızı yenmekle bizim sakalımızı tıraş ettiniz. Kesilen kol yerine gelmez ama tıraş edilen sakal daha gür biter” demişti ya; işte o mağlûbiyet İnebahtı savaşında vâkî olmuştu. Sadrazamın yaptığı teşbihi ise Cervantes bizzat yaşamıştı sol kolunu kaybederek. Beş yıla yakın Akdeniz'de dolanan, dâimâ Osmanlı leventleriyle savaşan Cervantes, “El Manço Lepanto” (İnebahtı Çolağı) lâkabıyla ün yaptı. Nitekim 1575 yılında, İspanya'ya dönerken bindiği İspanyol gemisi, Marsilya açıklarında Cezayirli Türkler tarafından kuşatıldı. Ve Arnavut asıllı Türk denizcisi Deli Memi tarafından esir alındı. Cezâyir'de 5 yıl esâret hayâtı yaşayan Cervantes, kaçmaya kalkınca prangaya vuruldu, tek kollu kürek mahkûmu bir forsa oldu. Nihâyet İstanbul'a yollandı. İşte tam bu sıralarda Kaptanıderya Kılıç Ali Paşa, Sultan 3. Murat'tan destur almış, Tophâne'deki câmiini yaptırıyordu.
Tek kollu yazarımız Cervantes de Tophâne'deki Kılıç Ali Paşa Câmi inşâatında duvar işçisi olarak çalıştırıldı. Câmi 1580'de tamamlandı ve Cervantes, beş senelik esâret hayâtından sonra nihâyet memleketine dönebildi. İhtimâl, iyi çalışması karşılığında hürriyeti vaad edilmiş olacak ki, câmi tamamlanınca Cervantes de hürriyetine kavuştu. Hayâtının kalan 36 yılını özgürce yaşadığını sanmayın. Ömrünün sonlarına doğru yazdığı ve kendi hayâtıyla alay ettiği meşhur eseri Don Kişot'u yine hapishânede yazmıştı. Âhir ömrünü asâletmeaplara methiye yazmakla geçiren Cervantes, 1616 da Madrid'de öldü. Geride 2 önemli eser bıraktı: Don Kişot ve Kılıç Ali Paşa Câmiinin duvarları. 23 Nisan, Shakespeare ile aynı gün ölen Cervantes'in öldüğü gündür. Akdeniz'de 5 yıl boyunca Osmanlı leventleriyle savaşan Cervantes, Türklerden o kadar korkmuş ki, Don kişot gibi bir hikâyeyi yazmış. Hikâyedeki yel değirmenlerinin Türkleri temsîl ettiği söylenir. Don Kişot da aptal bir savaşçıyı, yani Avrupalıları temsîl ediyor.
İtalyanların bile sâhip çıkıp kendilerinden saydığı ve hatta adına en büyük meydanlara heykel diktikleri bir serdârıâzam, bir kaptanıderya idi Kılıç Ali Paşa. İtalyanlar, La Castella kasabasının en büyük meydanına Kılıç Ali Paşa'nın heykeltıraş di Dinami tarafından yapılmış bir heykelini dikerek bu büyük deniz kurduna sâhip çıkıp onunla övünmüşlerdi. Kılıç Ali Paşa, câminin tamamlanmasından sonra yedi sene daha yaşadı. Vefatına kadar vakit namazlarını hep bu câmide kıldı. Bir sabah namazını yine camide kılıp fakirlere sadaka dağıtıp evine döndüğünde hastalandı. 92 yaşında vefat etti. Türbesi câminin yanında.
