Mehmet Altan ve Ahmet Altan hakkında 15 Temmuz darbe girişiminden önce katıldıkları programda darbenin PR çalışmasına yaptıkları gerekçesiyle İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı Terör ve Örgütlü Suçlar Bürosu'ndan sorumlu Başsavcı vekili İsmail Uçar tarafından soruşturma başlatıldı. Soruşturma kapsamında Altan kardeşler gözaltına alındı. Mehmet Altan'ın evinde teröristbaşı Fetullah Gülen'e ait kasetler ve 1 dolar bulundu.
FETÖ'nün hain 15 Temmuz darbe girişiminden önce terör örgütü FETÖ'nün yayın organı Can Erzincan TV'de alenen darbenin haberi verilmişti. Programın videosu delil kabul edildi. Soruşturma kapsamında gözaltına alınan Altan kardeşler İstanbul Terörle Mücadele Şube Müdürlüğü'ne götürüldü.
“Özgür düşünce” adlı programda konuşan Ahmet Altan, Mehmet Altan ve Nazlı Ilıcak kan donduran açıklamalarda bulunmuştu. Türkiye'nin kötü yönetildiğini iddia eden Mehmet Altan, programda sözü döndürüp dolaştırıp darbeye getirip TSK'ya getirmişti. Altan, TSK'yı kastederek, 'Onun ne zaman yüzünü çıkaracağı, nasıl çıkacağı belli değil' ifadeleriyle hükümeti tehdit etti.FETÖ'nün operasyonel haberlerinin merkezi olan kapatılan Taraf Gazetesi'nin Genel Yayın Yönetmeni olan Ahmet Altan ise yazdığı bir yazıda, 'Erdoğan'ı götürüp çöpün kenarında vururlar' ifadesini kullanarak darbe imasında bulundu.
Erdoğan'ın sağlam bir zeminde olmadığını iddia eden Altan,' 'Türkiye'deki askeri darbelerin önünü açan gelişmeler her ne ise Erdoğan o yolları teker teker açıyor' demişti.
