Cette mesure à l'encontre de la ministre de la Lutte contre la pauvreté et des Affaires humanitaires, Betta Edu, intervient quelques jours après la suspension d'une autre haut-fonctionnaire accusée de corruption.
Le président Tinubu a ordonné une enquête après que des documents prétendument liés au transfert de fonds ont été publiés dans les médias locaux.
L'AFP n'a pas pu vérifier ces allégations de manière indépendante et a contacté sans succès le ministère pour obtenir un commentaire sur l'implication présumée de Mme Edu.
La semaine dernière, M. Tinubu a suspendu Halima Shehu, la directrice de l'agence du fonds d'investissement social, la NSIPA, pour soupçons de corruption.
La NSIPA est une agence sous la tutelle du ministère de la lutte contre la pauvreté et des affaires humanitaires.
Le Nigeria reste l'un des pays les moins bien classés dans l'indice de perception de la corruption de Transparency International.