Mystery Inc.'in kapatılmasının üzerinden iki yıl geçmiştir. Scooby Doo, dedektif arkadaşları Fred, Daphne, Shaggy ve Velma ile birlikte Spooky Adası'na gönderilirler. Adanın sahibi Emile de buranın gerçekten perili olduğundan korktuğu için dedektifleri biraraya getirmek istemektedir.