Denizler altındaki yaşam konusunda belgeseller yapmak için dünyayı dolaşan efsanevi su altı kaşifi Steve Zissou'nun yaşamı hiç de kolay değildir. En iyi arkadaşı Esteban, yırtıcı bir köpekbalığı tarafından öldürülmüş; herkes onun yeteneğini kaybettiğini düşünmektedir.