Mumcu cinayetiyle ilgili karanlıkta kalan ve üzerine gidilemeyen belki de en önemli konu, ölümünden önce üzerinde yoğunlaştığı "Kürt Dosyası" oldu. Uğur Mumcu öldürülmeden az önce başladığı ve tamamlayamadığı "Kürt Dosyası"na, Öcalan'ın 12 Mart döneminde herhangi bir nedenle "kayırıldığı" kuşkusunu araştırarak girişti. Biraz ilerleyince PKK liderinin yakınında kuşkulu iki kişi daha olduğu bilgisine ulaştı: 1978'de evlendiği karısı Kesire Yıldırım ve yanından hiç ayrılmayan Ağrılı Pilot Necati.
Öcalan, kendisine konuyla ilgili sorular soran gazetecilere "Pilot Necati'nin MİT ajanı olduğunu bile bile yanında tuttuğunu, onu kullanarak MİT'i kandırdığını" söylemişti. (Tempo, 14 Nisan 1993.) Bundan 4 yıl sonra Mahir Sayın'la yaptığı bir TV röportajında ise "PKK'nın kuruluş aşamasında Pilot Necati aracılığıyla MİT'in parasını yediklerini, Sabiha Gökçen'e suikast planı gibi bazı provokasyonlarda kullanılmak istendiğini"anlatacak ve "İşte Uğur Mumcu bunları yazacaktı. Adam 10 gün sonra öldürüldü. Bilemiyorum bunun etkisi var mı yok mu? Bu açılsa çok iyi bir olaydır. Hatta tam bu aile ilişkisini, pilot ilişkisini inceliyordu" şeklinde imalarda bulunacaktı. (Gazete Pazar, 22 Haziran 1977.)
Ersever: İpuçları Öcalan'ın konuşmalarında
Bir başka fail-i meçhul kurbanı Binbaşı Cem Ersever'in itiraflarında da Mumcu cinayetiyle ilgili benzer bir değerlendirme yapılıyor. Ersever, "Öcalan'ın Uğur Mumcu'nun kendisinin geçmişini araştırdığını Yalçın Küçük'e anlattığını ve "Mehmetçik gazetecilerle ilgili gereken yapılmalıdır" dediğini aktarıyor. Ersever, Mumcu cinayeti konusunda Öcalan'ın konuşmalarının incelenmesini isteyerek, "Bu cinayetin İslami örgüt bağlantısı olmadığını" savunuyor. (Binbaşı Ersever'in İtirafları, s.85 vd.)
'Kürt sorunu ilk sırada'
Bu iddiaları daha da önemli hale getiren bir de istatistikler var. Uğur Mumcu'nun ölümünden 1 yıl öncesine kadar yazdığı yazılar üzerinde yapılan bir araştırmada, yazılarından yarıdan fazlasını Kürt sorununa ayırdığı ortaya çıktı. Mumcu'ya en yakın gazetecilerden Nezih Tavlaş'ın yönettiği Strateji Grubu Araştırma Birimi yaptığı çalışmada ortaya çıkan sonuçlan son derece çarpıcı. (Burada 2 Şubat 1992 tarihinde Milliyet gazetesinde başlayan ve öldürüldüğü gün olan 24 Ocak 1993'e kadar geçen süre içinde Cumhuriyet gazetesinde Gözlem sütununda yayımlanan 330 köşe yazısı baz alındı.)
Mumcu, 158 yazısını "Kürt" sorununa ayırmıştı, bu da yazılarının yüzde 52.6'sını oluşturuyordu. Uğur Mumcu'nun en çok üzerinde durduğu ikinci konu 117 yazıyla ABD olurken, üçüncü sırada ise yine birinci konu ile bağlantılı olarak 114 yazıyla da PKK yeralıyordu. Uğur Mumcu'nun kardeşi Av. Ceyhan Mumcu, konuyla ilgili olarak yaptığı açıklamada "Uğur'un cinayetinin ipuçları bu dizinin içindedir. Bu dizin incelenmeden Uğur Mumcu cinayetinin doğru senaryosu hukuksal deyimiyle saikleri bulunamaz. Uğur kendi cinayetinin ipuçlarını yine kendisi bu yazılarıyla bize verdi, umarım artık görebiliriz" demişti.
'PKK içindeki ajanları açıklayacaktı'
Ceyhan Mumcu'nun anlattığı bir başka olay yine aynı noktaya işaret ediyor. "Uğur yazısında, yakında çıkacak kitabımda PKK içinde kaynayan ajanların listesini yayınlayacağım diyordu, ölümünden birkaç gün önce." (Günaydın, 16 Mart 1997)
Barzani-Mossad ilişkisi
Mumcu'nun aynı çerçevede ele aldığı bir diğer önemli konu Barzani-Mossad ilişkisi üzerine ölümünden 17 gün önce yazdığı yazı oldu. Kuzey Irak'taki yapılanmayı ve Barzani'nin desteklerini açıklayan Mumcu'nun bu yazısı da ölümünden sonra tüm çabalara rağmen değerlendirme dışı bırakıldı. Oysa tam da İran Dışişleri Bakanı Ali Ekber Velayeti'nin Türkiye ziyaretinde öldürülen Uğur Mumcu'nun cenazesi, hem iç politikada, hem de dış politikada Türkiye'deki kamplaşmayı derinleştirmişti.
'İran neden öldürsün?'
Aynı söyleşide Ceyhan Mumcu'nun bir başka değerlendirmesi daha vardı: "Uğur'un 1992'de yazdığı yazıları taradım. İran aleyhine bir yazısı yok. Bunu Meclis'e de anlattım. Rabıta 1987'de aktüel bir konuydu. Evet o gün TRT onu çağırabilirdi. Ama 1987'de güncel olan bir konuyu 1993'te 'Neydi bu konu, gel bize televizyonda anlat' demelerinin garipliğini anlattım Meclis'e. Veya başka bir kanalda Hasan Mezarcı ile gel tartış demelerinin anlamı ne? İslamcılar Hasan Mezarcı ile tartıştı diye Uğur'u öldürmezler."
'Mumcu'yu Gladio öldürdü'
Cinayetle ilgili bir başka ilginç iddia, en iddiası kadar ilginç bir isimden geliyordu. Almanya'da yaşayan ülkücü lider Musa Serdar Çelebi, "İpekçi ve Mumcu cinayetlerini kontgerillanın işlediğini" söylüyordu. Çelebi "Gladio mu, özel harp mi, kontgerilla mı dersiniz. Bu güç Türkiye'de var. İpekçi ve Mumcu'yu onlar öldürdü" açıklamasını yapıyordu. (30 Kasım 1996, Sabah )
Aslında Gladio iddasında Çelebi yalnız değil. Araştırmacı Erol Mütercimler de benzer bir yapılanmaya işaret ederek, Ergenekon denilen bir yapılanmanın, ABD'nin bölgedeki çıkarları doğrultusunda sağ örgütleri de, sol örgütleri de kullandığının artık ortaya çıktığını söylüyor ve Eşref Bitlis, Abdi İpekçi, Uğur Mumcu ve benzeri cinayetlerin Ergenekon tarafından işlendiğini söylüyor. ( Tempo, 22 Ocak 1997
Aynı iddiayı, ortaya çıkan son gelişmelere rağmen sürdüren bir başka isim de İP Genel Başkanı Doğu Perinçek. Gerek Mumcu'nun, gerekse de Ahmet Taner Kışlalı'nın "Süper NATO" adlı "Gladio" yapılanması tarafından öldürüldüğünü iddia eden Perinçek, "Her iki olayın faillerinin bile aynı olduğunu ve resmi makamlarca da bilindiğini" söylüyor.
Eymür-Gündeş hesaplaşması
Mumcu cinayetiyle ilgili bir başka ilginç iddia, bu olayın iki eski MİT mensubu Mehmet Eymür ve Nuri Gündeş'in hesaplaşmasının sonucu olduğu şeklindeydi. Hatta Alaattin Çakıcı'nın Mumcu'nun ölümünden önce Büyük Ankara Oteli'nde kalması da, Mumcu cinayetiyle ilgili olarak gündeme geldi. İşte bu iddiayı dile getiren bir alıntı:
"Öncelikle bilinmesi gereken bir gerçek var: Merhum Uğur Mumcu ile MİT'in sansasyonel görevlisi Mehmet Eymür, 'gazeteci-MİT mensubu' ilişkisini aşmayan bir çerçevede sık sık görüşürler, hatta birbirlerinin evine gidip gelirlerdi. Abdullah Çatlı'nın Fransa'da uyuşturucu kaçakçılığından yakalanıp hapse atıldığını ilk kez Uğur Mumcu kamuoyuna duyurmuştu. Haberin kaynağı Mehmet Eymür'dü. O da istihbaratı büyük olasılıkla, kafayı uyuşturucu kaçakçılarına takan Çakıcı'dan almıştı. (Çakıcı'nın Çatlı'nın bir adamını yurtdışında uyuşturucuyla yakalattığı biliniyor.)" (Uğur Dündar, "Uğur Mumcu cinayeti-Alaattin Çakıcı ilişkisi, Hürriyet 30 Ağustos, 1998)