Jandarma Genel Komutanı Orgeneral Bekir Kalyoncu'nun isminin Ergenekon operasyonu kapsamında tutuklanan İbrahim Şahin'in ifadelerinde ve MİT tarafından Genelkurmay'a 2005'te adları bildirildiği ileri sürülen 'Karargah Evleri' yöneticileri arasında yer aldığı iddialarının ardından, Kalyoncu'nun Kara Kuvvetleri Komutanlığı'na getirilip getirilmeyeceği merak konusu olmuştu.
Yüksek Askeri Şura toplantısının sona ermesiyle birlikte açıklanan komuta kademesi arasında Kalyoncu'nun ismi yer almadı. Kara Kuvvetleri Komutanlığı'na Genelkurmay 2. Başkanı Orgeneral Hulusi Akar'ın getirilirken, Kalyoncu'nun istifasını istediği öne sürüldü. Kalyoncu emekli edilmeseydi Necdet Özel'den sonraki Genelkurmay Başkanı olmasına kesin gözüyle bakılıyordu.
Kalyoncu'nun adı ayrıca 2006'da düzenlenen bir güvenlik zirvesinde 'irticai tehdit var' diyerek komutanların hükumeti suçladığı ve Erdoğan'ın da bu suçlamalara sert tepki verdiği toplantıdaki generaller arasında geçtiği ileri sürülmüştü.
