Malcom X, İslam Milleti örgütünün başlıca üyeleri arasında yer alıyordu. Ancak 1963 yılına gelindiğinde; Malcolm X, örgüte dair farklı düşünceler geliştirdi ve mensup olduğu grubu sorgulamaya başladı. Bu sorgulamayla birlikte grubun yanlış bir yol izlediğine yönelik şüpheleri iyice arttı. Artık burada bulunmak istemiyor, kendi doğrularıyla çeliştiği için örgütten ayrılmak için fırsat kolluyordu. Onunla aynı fikirde olan başkaları da vardı. Mesela: Wallace Deen Muhammed. Muhammed; Elijah Muhammed’in sekiz oğlundan biriydi ve zorunlu askerlik görevini reddettiği için 1960’ların başında hapishaneye düşmüştü.
Hapishane yıllarında, İslami ilimler konusunda kendisini geliştirdi ve İslam Milleti hareketinin itikadi anlamda sorunlu olduğunu fark etmeye başladı. Gerçi sorunu tespit etmek için Kuran-ı Kerim'i bir kez baştan sona okuması bile ona yetmişti. Nitekim bu tespitlerin ardından gruptan bir kopuş dönemi yaşamaya başladı. Ancak bu ilk zamanlar öyle kolay olmadı. Önce gruba dair itirazlarını dışarı vurdu sonra yaptığı bu tavırların ardından toplam 5 kez hareketten aforoz edildi. Takvimler 1964’ü gösterdiğinde ise Malcolm X’le birlikte İslam Milleti grubundan ayrılarak Afro-Amerikan Birliği’nin kurucuları içinde yer aldı; fakat babasıyla ilişkisini sorunlu da olsa sürdürdü. Bu da, 1975’te babası Elijah Muhammed’in ölümüyle birlikte İslam Milleti’nin başına geçmesinin nedeni oldu.
Burada yaptığı ilk iş İslami meselelerde sapma olarak gördüğü konuları düzenlemek ve reformlar yapmaktı. Öncelikle örgütün başındaki kişilere verilen ve ruhbanlığı çağrıştıran "Yüce Bakan” unvanını kaldırdı. Yalnızca "Baş İmam" sıfatını kullandı. “İslam’ın Meyvesi” adı verilen askeri kanadı ilga etti. Irkçılığa varan sert ayrılıkçı çizgiyi dönüştürdü. Son olarak da dünyadaki diğeri İslami hareketlerle iletişim kurdu.
1978 sonuna geldiğinde Muhammed; artık vaktinin geldiğini hissetti ve İslam Milleti hareketini kökten değiştirecek bir hamle yaptı. Hareketin yoğun merkezi yapısını bertaraf edip kendi baş imamlık otoritesinden de feragat etti. 6 üyeli bir meşveret kuruluna dayanan yeni bir yapı oluşturdu. İslam Milleti örgütünü birkaç farklı isim değişikliği denemesinden sonra "Amerikan Müslüman Toplumu " olarak değiştirdi.
Buradaki asıl amaç; hareketi radikal bir örgüt hüviyetinden kurtarıp İslami bir cemiyete dönüştürmekti. Elbette bu örgüt içinden ciddi itirazların da yükselmesine sebep oldu. Bu itirazların en güçlüsü ise Louis Farakhan’dan geldi. O; aynı zamanda Elijah Muhammed’den sonra Malcolm X’e karşı en sert tavır alan isimdi.
Wallace Deen Muhammed, örgütün başına geçince Louis Farakhan ile üç yıl birlikte çalıştı. Ancak Wallace Deen Muhammed’in örgütü baştan sona değiştirmesi elbette onu hiçe saymış ve rahatsız etmişti. Farrakhan’ın grubu belki çoğunluk değildi ancak yine de oldukça etkiliydi. Arkasına küçük bir muhalif grubu alarak, 1978’de Amerikan Müslümanları Toplumu’ndan ayrıldı. Kısa bir süre sonra yani 1981’de İslam Milleti hareketini, Elijah Muhammed’e atıflar yaparak yeniden kurdu.
“Amerikan Müslüman Toplumu” ve “İslam Milleti Hareketi” arasında bu tarihler itibariyle oluşan gerilim, 2000’de Wallace Dean Muhammed ve Louis Farakhan’ın canlı yayında bir araya gelmesiyle kısmen de olsa azaldı fakat bu durum hiçbir zaman tam anlamıyla sona ermedi. Dolayısıyla iki farklı hareket olarak bu iki görüş varlığını böylece sürdürdü. Zaten bu görüşmeden sonra çok az bir araya geldiler. Wallace Deen Muhammed’in 2008’de gerçekleşen ölümü de bunu pek mümkün kılmadı. Louis Farakhan ise sağlık sorunlarına rağmen etkili hitabetiyle kitleleri etrafında toplamaya devam ediyor.
