KCK soruşturması kapsamında Savcı Sadrettin Sarıkaya'nın MİT mensuplarını ifadeye çağırmasının ardından İçişleri Bakanlığı kararı ve İstanbul Valiliği tebliğiyle görevden alınan İstanbul Terörle Mücadele Şube Müdürü Yurt Atayün, Emniyet Genel Müdürlüğü Emniyet Kontrol Komuta Merkezi'ne, İstanbul İstihbarat Şube Müdürü Erol Demirhan ise Ankara İstihbarat Daire Başkanlığı emrine atandı. MİT ile yargı arasında ifade krizine neden olan soruşturma dosyasını Yurt Atayün ve Erol Demirhan hazırlamıştı. Öte yandan Mart 2011'de görevden alınan Ali Fuat Yılmazer'in ise Ankara Polis Akademisi'ne atandığı belirtildi.
2005 ile 2007 yılları arasında Ankara'da İstihbarat Daire Başkanlığı Şube Müdürü olarak görev yapan Ali Fuat Yılmazer, Hrant Dink cinayetiyle ilgili kusurlu bulunan İstanbul İstihbarat Şube Müdürü Ahmet İlhan Güler'in yerine bu şubeye müdür olarak atandı. İstihbarat Şube Müdürü görevindeyken terfi edip 2. sınıf emniyet müdürü olan Ali Fuat Yılmazer, İstihbarat'tan Sorumlu Emniyet Müdür Yardımcılığı'na getirilmişti. 'Ergenekon, Balyoz, Kafes, Poyrazköy, Şantaj ve Askeri Casusluk' gibi operasyonları yürüten Yılmazer'in atanmasının ardından boşalan İstihbarat Şubeden Sorumlu Emniyet Müdür Yardımcılığı görevine ise atama yapılmadı. Şube, İstanbul Emniyet Müdürü Hüseyin Çapkın'a bağlandı.
Ali Fuat Yılmazer'in ismi, gazeteci-yazar Nedim Şener ile Hanefi Avcı'nın yazdığı kitaplarda da geçmişti. Yılmazer, Nedim Şener'e kitabı için dava açmış, dava Şener'in beraatiyle sonuçlanmıştı. Gazeteciler Nedim Şener ve Ahmet Şık'ın tutuklanmasının ardından Yılmazer görevinden alınarak 'tanık koruma' ve 'bomba imha' şubelerinden sorumlu Emniyet Müdür Yardımcılığı görevine getirilmişti. Yılmazer 9 Mart 2011 tarihinden itibaren bu görevi yürütüyordu.
