Ömrü seferlerde geçen Fâtih'in vefâtı da bir sefer hazırlığı esnâsında oldu. Fakat vefâtındaki sır perdesi bir türlü kalkmadı. Venediklilerin 14 defâ zehirleme teşebbüslerinden sonra, Memlûk Sultanı Eşref Kayıtbay ya da Fâtih'in saray hekimi Yakup Paşa tarafından zehirlendiğini iddiâ edenler dahi oldu. Hattâ suçlananlar arasında Fâtih'in öz oğlu 2. Bayezid dahi vardı. Osmanlı târihçilerinin umûmî kanaati ise Fâtih'in zehirlenmediğidir.
Fâtih Sultan Mehmet'in son yıllarında, Dulkadiroğulları Beyliği'nin hangi devlete tâbî olacağı meselesi yüzünden Osmanlı Devleti ile Memlûk Devleti'nin arası bozuktu. Bir de Fâtih'in hac su yollarını tâmir ettirmek istemesi, Memlûkler tarafından hükümranlık alanlarına müdâhale sayıldı. Batı'da da durum çok farklı değildi. Doğu Roma İmparatorluğu'na son verip, hedefine Batı Roma İmparatorluğu'nu alınca zâten Avrupa, husûsiyle Venedik, Fâtih'e diş bilemeye başlamıştı. 25 Nisan 1481 Çarşamba günü sefere çıkmaya hazırlanan Fâtih, Topkapı Sarayı'ndan evvelâ Üsküdar'a geçmiş, daha sonra da Gebze'deki Hünkâr Çayırı'nda otağını kurmuştu.
1 Mayıs 1481 Salı sabahı şiddetli sancılar çekmeye başladı. Zâten nikris hastalığı ve romatizmaları hayat boyu yakasını bırakmamıştı. Gebze'deki otağında ilk müdâhaleyi Laristanlı hekim Acem Hamideddin el-Lârî yaptı. Fakat pâdişahın mîde sancıları geçmek bilmiyordu. İkinci müdâhale, eski hekimbaşı Yâkup Paşa'dan geldi. Fakat Yâkup Paşa, pâdişaha yanlış ilaç verildiğini, artık bir şey yapılamayacağını söyleyince ortalık birden karıştı. Tüm hekimler, sultanı tedâvi etme telâşına düşmüşlerdi. Fakat ne yapsalar netîce alamıyorlardı. Yâkup Paşa, sancı azaltan şurup olan "şarab-ı fâriğ" den başka bir şey sunamıyordu pâdişaha. Nihâyet komaya giren Fâtih, 31 Mayıs 1481 Perşembe günü ikindi vakti 49 yaşında iken vefât etti. Vefâtının hemen ardından pâdişahın zehirlendiği iddiâları ortaya atıldı ve bu hususta birçok devlet adamıyla birlikte Fâtih'in hekimbaşısı Yâkup Paşa da haksız yere kara listeye alındı.
Pâdişahın zehirlendiği şüphesi asılsız değildi. Zîrâ Doğu Roma'nın başkenti İstanbul'u fethederek Bizans İmparatorluğu'na son veren Fâtih'in yeni hedefi Batı Roma idi ve Otranto (İtalya) seferi Avrupalıları yeterince korkutmuş ve ürkütmüştü. Bu sebeple Venedik 1456 ile 1479 yılları arasında Fâtih Sultan Mehmed'i tam 14 defâ zehirleme teşebbüsünde bulunmuştu. Bu 23 sene zarfında Venedik, 10 kişilik meclisiyle Osmanlı sultanını zehirlemek için elinden geleni ardına koymadı. Evvelâ Trogirli bir denizci, daha sonra Kantau'da bir râhip, Arnavut Paul isimli berber, Vlaco isimli bir Yahudi hekim, Floransalı Francesco Baroncello, Krakovili bir Polonyalı komitacı ve Katolanyalı bir suikastçı, Fâtih'i zehirlemek için görevlendirilen şahıslardan bâzılarıdır.
Fâtih'in yaşadığı devirde Avrupa'da, Hristiyanlar tarafından baskı gören Yahudiler, Osmanlı topraklarına sığınıyorlardı. Hattâ saltanatı yıllarında Fâtih'in büyük oğlu 2. Bayezid'in, İspanyol zulmünden kaçan Seferâd Yahudilerini gemilerle İstanbul'a getirtip, Balat semtine yerleştirdiği bilinir. Balat'taki Ahrida Sinagogu'nda, kürsünün gemi şeklinde yapılması, haçlı zulmünden gemilerle kurtulduklarının hâtırâsı içindir.
O yıllarda Avrupa'da Hristiyanların güvenmediği Yahudi hekimler Osmanlı'da hekimbaşı ( Sultanın husûsî doktoru ) mevkîine kadar yükselebiliyorlardı. Papa 5. Nikola'nın: "Yahudi hekimlerde tedâvi olan Hristiyanların ruhlarının kirleneceği" ni söylemesi, Yahudi doktorların işsiz kalmasına sebep olmuştu. Bu yüzden İtalya Gaeta'dan Edirne'ye gelen Yahudi hekim Maestro Jacopo, Müslüman olunca Yâkup ismini almış ve Sultan 2. Murad zamanında sarayda hekim olarak çalışmaya başlamıştı. Fâtih zamânında da sarayın hekimbaşısı unvânıyla vazîfesine devâm etti. Hattâ 2. Bayezid döneminde dahi bu vazîfesinde kalmıştır. Bu da Fâtih'i, Yakup Paşa'nın zehirlemiş olma ihtimâlini ortadan kaldırıyor. Fakat yine de onu suçlayan Alman târihçi Babinger bakın neler anlatıyor:
"O yıllarda Fâtih'in, Doğu Roma'yı ortadan kaldırıp Batı Roma üzerine seferler düzenlemeye başlaması Venedik'i kara kara düşündürüyordu. Tek çâre olarak Fâtih'in ölümünü görüyorlardı artık. Bu yüzden Floransalı bir asil olan Lando Degli Albizzi isimli şahsı, Fâtih'in doktoruyla anlaşıp onu zehirletmesi için İstanbul'a gönderdiler. İstanbul'daki yakın arkadaşı Floransa Konsolosu vâsıtasıyla Fâtih'in hekimi Yâkup Paşa ile görüşen Albizzi, Yâkup Paşa'ya reddedemeyeceği çok büyük ve çok câzip tekliflerle geldi. Yâkup Paşa bu teklifleri uzun uzun düşündükten sonra 10 bin düka altun ve 3 ay da süre istedi. Bu 3 ay içerisinde pâdişahı ilaçlarla gram gram zehirlemeyi planlıyordu belki de. Zîrâ bu gibi durumlara tedbîr için Fâtih'in yemeğin durumunu kontrol eden çeşnigârları vardı ve pâdişah yalnız yemek yiyordu. Ve bir de eğer Fâtih ölürse Venedikten sığınma isteyen Yâkup Paşa, İstanbul'dan götüremeyeceği mal varlığına karşılık olarak da 25 bin düka altun daha istiyordu. Bu istekler Venedik tarafından tereddütsüz kabûl edildi. Zâten o günlerde Osmanlı ordusunun Ağrıboz Adası'nı Venediklilerden alması da başka çârelerinin kalmadığını anlamalarına yetti. Yakûp Paşa ile konuşulan bu hususlar Venedik hükümetine bildirilmiş ve aracı Lando vâsıtasıyla bizzat Venedik devlet başkanının da kabul mektubu, Yâkup Paşa'ya ulaştırılmak üzere gönderilmişti."
İstanbul'a hareket eden Lando'nun bu mektubu Yâkup Paşa'ya ulaştırıp ulaştıramadığı meçhul. Hattâ kendisinin dahi İstanbul'a gelip gelemediği tespit edilemedi. Sonuç olarak hekimbaşı Yâkup Paşa'nın Fâtih'i zehirlediğine dâir bir emâreye de rastlanmadı.
30 yıl kadar Fâtih'e hizmet edip hekimbaşılık makâmına yükselen Yâkup Paşa şüphelilerin arasında sayılsa da, Memlûk Sultânı Eşref Kayıtbay'ın, hekimbaşı Acem Lari vâsıtasıyla Fâtih'i zehirlettiği de söylentiler arasında. Hattâ zanlılar arasında Fâtih'in büyük oğlu 2. Bayezid dahi var. O yıllarda Amasya vâlisi olan Şehzâde Bayezid, kardeşi Şehzâde Cem lehine çalışan vezîriâzam Karamânî Mehmet Paşa yüzünden yine hekimbaşı Acem Lari'yi kullanarak, babası Fâtih'i zehirlettiği dedikoduları vardır ki; Fâtih'ten 4 yıl sonra 1485'te Edirne'de ölen Acem Lari için, pâdişaha aşırı dozda afyon verdiği, pâdişahın bu yüzden vefât ettiği söylentileri dalga dalga yayılmıştı. Bâzı târihçiler de hekim Yâkup Paşa'nın tedâviye devâm ederken, onun vezir rütbesine yükselmesinden rahatsız olan Sadrazam Karamânî Mehmet Paşa'nın kasıtlı olarak Acem Lari'yi devreye soktuğunu ve verilen ilaçlar karşısında pâdişahın kurtulma ihtimâlinin kalmadığını söyler.
