Türkiye Büyük Millet Meclisi tarafından 5 Mayıs 2000’de Türkiye’nin 10. Cumhurbaşkanı seçilen Ahmet Necdet Sezer, 28 Ağustos 2007’ye kadar bu görevini sürdürdü. Cumhurbaşkanlığı döneminde tartışmalara neden olan birçok gelişmeye imza atan Sezer, aralarında DHKP/C ve PKK terör örgütleri mensuplarının da bulunduğu isimleri affetmesiyle de gündeme geldi. Sezer, görev süresi boyunca Anayasa’nın 104. maddesinde yer alan "sürekli hastalık, sakatlık ve kocama sebebi ile kişilerin cezalarını hafifletmek veya kaldırmak" hükmü gereğince 259 mahkumu affetti.
- Affedilenlerden 38’i DHKP/C, 6’sı PKK, 19’u Dev-Sol, 28’i TKP-ML/TİKKO, 26’sı TİKB, 16’sı MLKP, 15’i THKP-C, 42’si de diğer terör örgütleri üyesiyken, diğer mahkumlar ise adi suçlardan hüküm giyenlerden oluşuyordu.
Affedilen örgüt üyelerinin tamamına yakınının, cezaevlerindeki açlık grevleri sonrasında "Wernicke-korsakof" hastalığına yakalanan mahkumlar olduğu kayıtlara geçti.
- Sezer’in affıyla tahliye olan bazı örgüt mensupları terör eylemlerine devam etti. Bu kişilerden bazıları polis ve askerle girdiği çatışmada ölü ele geçirilirken, bazıları da eylemleri nedeniyle hapse mahkum edilerek tekrardan cezaevine gönderildi.