20 Ocak 2013 tarihinde tutuklanan Kalsen ve Yayla, Öğrenci Gençlik Dernekleri Federasyonu'nda gözaltına alındı. Eski Özel Yetkili Savcılığı'nın yürüttüğü soruşturmanın iddianamesi 25 Eylül 2013 tarihinde tamamlanarak kapatılan Özel Yetkili İstanbul 16. Ağır Ceza Mahkemesi'ne yollandı. İddianamede Elif Sultan Kalsen ve Şafak Yayla şüpheli olarak bulunurken, Şafak Yayla'nın ağabeyi Bulut Yayla da şüpheliler arasında yer aldı.
13 şüphelinin bulunduğu iddianamede emniyete saldırıda bulunan Elif Sultan Kalsen'in hayata dönüş operasyonunda görev alan Binbaşı Zeki Bingöl'e yönelik suikast hazırlığında bulunduğu, suikastte kullanma amacıyla, 7.65 milimetrelik silah temin ettiği ifade edildi. Şafak Yayla'nın da tıpkı Kalsen gibi 'örgütün legal kuruluşu Gençlik Federasyonu'nda görevli olduğu, örgütün yurtdışında bulunan merkez komitesi ile temasa geçme yetkisi bulunan bir örgüt üyesi' olduğu anlatıldı. İddianamede dikkat çeken bir ayrıntı da Yayla'nın kod isim olarak 'Akın' ismini kullandığı oldu. Soruşturmada daha sonra dosyaya bakan İstanbul 20. Ağır Ceza Mahkemesi, Kalsen ve Yayla'nın da aralarında bulunduğu 11 sanığı tahliye etti.
