1001 Çocuk 1001 Dilek projesi dahilinde kimi zaman kendilerine reva görülen bir zulüm nedeniyle, evlerini, akrabalarını, arkadaşlarını, sevdiklerini, okullarını, oyuncaklarını geride bırakarak; dillerini bilmedikleri bir başka ülkeye göçmüş çocukların dilekleri yerine getirildi, kimi zaman daha çocuk yaşında annesini ya da babasını kaybetmiş, hayata yetim, öksüz olarak başlamış çocukların hayallerine ulaşması sağlandı. Farklı ülkelerden farklı dil ve tende çocuklar da proje dahilinde unutulmadı. Bazen de duyma, işitme, yürüme gibi engelleriyle baş etmeye çalışan çocukların dilekleri hayata geçirildi.
Dünyanın bütün çocuklarını kucaklayan 1001 Çocuk 1001 Dilek projesinde çocuklar, hayatlarını, yaşantılarını, sıkıntılarını, sevinçlerini, kederlerini, isteklerini, gelecekten beklediklerini, hayallerini, umutlarını kısaca her şeylerini bir mektupla Deniz Feneri'ne yolluyorlar. Daha sonra bu mektuplar projenin web sitesinde hayırseverleri beklemeye başlıyor. İsteyen herkes, istediği bir miktarla bir çocuğun dileğine online olarak katkı sağlayabiliyor.
Deniz Feneri bugüne dek Türkiye'de 14 ilköğretim okulunu temelden yaparak eğitime kazandırdı. Tamamı Türkiye'nin farklı bölgelerinde bulunan ve köy çocuklarına hizmet eden bu okullar devlet idaresinde hizmet veriyor. 2015 yılında 1001 Çocuk 1001 Dilek projesi, derneğin yaptırdığı okullarda okuyan çocuklar için hayata geçiriliyor.