Bekiroğlu hoca, vasiyeti üzerine Malatya'da kılınan cenaze namazının ardından Malatya Şehir Mezarlığı’na defnedildi.
Cenaze namazı öncesinde Bekiroğlu hocanın oğulları Abdullah, Halit, Haydar, Ahmet ve Harun Bekiroğlu taziyeleri kabul etti. Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan da Halit Bekiroğlu’nu arayarak taziye dileklerinde bulundu. Bir çok bakan ve müsteşar ile devlet erkanı yanısıra Eski Diyanet İşleri Başkanı Mehmet Görmez de telefonla aileye başsağlığı dileklerinde bulundu.