Bu kurumun ilk kurulduğu yıllardaki kurucu ülkelerin payının ağırlıkta olması ile öne çıkan ancak ülkelerin ekonomik gücüne göre ülke paylarının güncellenmemesi nedeniyle ağır eleştirilere maruz kalmaktadır.
Çünkü gelişmiş ülkeler hem sahip oldukları sanayi ürünlerini fakir ülkelere rahatça ihraç ettikleri gibi, gelişmiş ülkeler tarımsal ürünlerini korumak için üreticilerini tarife dışı engeller ile korudukları da bir gerçektir.
Dolayısıyla, Dünya Ticaret Örgü’nün gelişmiş ülkelerin lehine olan birçok avantajlı duruma kayıtsız kaldığı düşünülmektedir.