Fetullahçı Terör Örgütü'nün (FETÖ) Marmara Üniversitesindeki akademik yapılanmasına ilişkin soruşturmada, aralarında akademisyenlerin de bulunduğu tutuklu 15 sanık hakkında “silahlı terör örgütüne üye olmak” suçundan 15'er yıla kadar hapis cezası istemiyle hazırlanan iddianame, mahkemece kabul edildi. FETÖ/PDY'nin amaçlarına ulaşabilmek için üniversitelerde en katı şekilde örgütlendiği vurgulanan iddianamede, Türkiye'de 17 üniversitenin bizzat örgüt tarafından kurulup faaliyete geçirildiği hatırlatıldı. Örgütün yurt dışında kurduğu üniversitelerinin adlarının da sıralandığı iddianamede, FETÖ'nün kapatılan üniversiteler dışında liderinin talimatı ile tüm kamu üniversitelerini ele geçirmek için örgütlendiği kaydedildi.
İddianamede, üniversite sonrası yüksek lisans, doktora, yurt dışı eğitimleri almak için her türlü hukuk dışı yollar kullanıldığı, örgütün akademik kadrolara kendi üyelerini yerleştirmek için Akademik Personel ve Lisansüstü Eğitimi Giriş Sınavı (ALES) sorularını ele geçirerek örgüt üyelerine sızdırdığı belirtildi. Yüksek lisans, doktora ve ALES sınavlarında çaldığı sorular sayesinde üniversitelere 2002-2013 yılları arasında 8 bin 500 civarında akademisyen yerleştirildiğinin tahmin edildiği aktarılan iddianamede, ÖSYM verilerine göre 2005'te ALES sınavına 226 bine yakın adayın girdiği, bu adayların yüzde 0,1'inin soruları tam ya da 2 eksik ile tamamladığı, 2005'te ALES'te tam yapanların sayısı 100 iken, bu rakamın 2009 yılında tam 200 kat arttığı anlatıldı. İddianamede, 2009'da sınava giren 226 bine yakın adayın yüzde 9'unun tam puan aldığı kaydedilerek, FETÖ/PDY'nin neredeyse bütün sınavlarda hırsızlık yaptığı, 2009 yılında ALES'te yalnızca 2 yanlışı olan aday sayısının 20 bin 290 olduğunun belirlendiği aktarıldı.
Örgütün hakim olduğu taşra üniversitelerinde akademik kadrolara yerleştirilen örgüt üyelerinin daha sonra büyük üniversitelere geçişinin sağlandığı, böylece bütün kamu üniversiteleri adeta örgütçe kuşatıldığı anlatılan iddianamede, şöyle denildi: “Üniversite rektörlük seçimlerinde örgüt her üniversitede ya örgüt üyesi rektör adayını ya da örgüte yakın olan rektör adayını desteklemiş, seçimlerde her türlü yöntemi kullanarak kazanmayı amaçlamıştır. Örgüt için üniversite yönetimi çok önemlidir. Üniversitenin akademik kadrosunun yanında idari kadrolarını da elinde tutmak istemiştir. Üniversiteler yüksek bütçeli kurumlar olup, bu bütçelerin örgüt mensuplarınca örgütün amaçları doğrultusunda kullanılması hedeflenmiştir. Üniversitelerde mal ve hizmet alımlarında yapılan ihalelerle örgüt üyesi kişilerin ihalelerin kazanması sağlanmıştır. Üniversiteler bir eğitim, araştırma ve bilim yuvası olarak değil, örgüte yetişmiş elaman kazandıran hücre evi, ekonomik girdi sağlayan ticarethane, ülke siyasetinde rol alan, yönetime baskı kuran, siyasi partiler gibi kullanılmıştır. Bu nedenledir ki üniversitelerdeki örgüt üyeleri yasalar çerçevesinde eğitim ve öğretim hizmeti vermekten öte örgüt talimatlarını yerine getiren örgütün amaçlarına hizmet eden birer militan gibi hareket etmişlerdir.”
