Akar, bunun yanlışlığını anlatıp karşı çıkınca, “İmza atarsanız hayati tehlikeniz olmaz” şeklinde tehdit edildi. Akar direnmeyi seçince komutanın başına silah dayandı. Bir darbeci de boğazını sıktı. Orgeneral Akar'la birlikte ve Orgeneral Güler ve Orgeneral Çolak da yakalandı. İlk olarak Orgeneral Akar, Genelkurmay Karargahı'na inen helikopterle darbe girişiminde bulunanlar tarafından üs olarak kullanılan 4. Ana Jet Üs Komutanlığına götürüldü. Genelkurmay Başkanlığı Karargahı'nda bir süre tutulan diğer generallerin elleri arkadan bağlandı. Gözleri kapatılan komutanlar diz çöktürülerek bir odada tutuldu. Bu süreçte konuşmaları kesinlikle yasaklanan generaller başları birbirlerinin sırtına değecek ve diz çökmüş şekilde karargahtaki bir odada bekletildi.
İçeride bu gelişmeler olurken Genelkurmay'ın darbeciler tarafından ele geçirildiğini öğrenen vatandaşlar, saat 22.00 civarı ellerinde Türk bayraklarıyla Genelkurmay önünde toplandı. Bazı vatandaşlar Genelkurmay'ın içine kadar girerken, Genelkurmay Başkanlığı'ndan dışarıya tank çıkartıldı. Tank barikat amacıyla kurulan kamyonların olduğu bölgeye ve vatandaşların üzerine ateş açtı, vatandaşların araçlarını ezdi. Helikopterden, binadan ve tanklardan açılan ateşle çok sayıda vatandaş şehit oldu. Yaralı vatandaşlar sivil araçlarla hastanelere kaldırıldı. Bir yandan da savaş uçaklarının alçak uçuş yapmasına rağmen vatandaş Genelkurmay'ın önünü terk etmedi. Vatandaşların üzerine sürülen tank direnişle karşılaşınca Genelkurmay'ın parmaklıklarını devirip, ağaçları yıkarak tekrar içeri girdi.
Darbecilerin “merkez üslerinden” olduğu belirtilen Ankara'daki Akıncı Hava Üssü'nden 16 Temmuz'da saat 10.30 sularında bazı birimlerce operasyon yapıldı ve Genelkurmay Başkanı Hulusi Akar kurtarıldı.
Genelkurmay Başkanlığı'ndan önce 200 daha sonra 700'e yakın silahsız er ve erbaş polise teslim oldu. Vatandaşlar Genelkurmay Başkanlığının Necatibey Caddesi'nden teslim olmaya başlayan er ve erbaşlara su ve sigara ikram etti. Teslim olan askerler önce TÜİK binasına, daha sonra da Polis Akademisine götürüldü. Yaklaşık 150 kişilik, silahlı mühimmata sahip bir grup asker ise Genelkurmay Başkanlığı içinde bekletildi. Genelkurmay Başkanlığı içinde darbeye katılmadığı için elleri bağlı olarak odalar içinde kilitli tutulan subay ve astsubaylar, sabah saatlerinde tahliye edildi. Genelkurmay'daki darbeci askerlerden 13'ü de teslim oldu.
İstanbul Emniyet Müdürlüğü darbecilerin ele geçirmeye çalıştığı merkezlerden biriydi. Ancak halk darbe girişimine karşı çağrıların ardında Vatan caddesinde toplandı ve caddeyi kapattı. 23.30'da askerler ve polisler arasında çatışma çıktı. Askerlerin tanklarını ve askeri araçları durdurmak isteyen vatandaşlar Vatan Caddesi'ni kapattı. Kalabalığı dağıtmak için askerlerin çevreye ateş açması sonucu bir vatandaş başından vurularak, olay yerinde yaşamını yitirdi. Helikopterden açılan ateş sonucu da şehit olanlar oldu. Vatandaşlardan bazıları yaralandı. Vatan Caddesi üzerindeki tankların geçişine izin vermeyen halk, tankların üstüne çıktı, darbeci askerlerin silahlarını da ellerinden aldı. Planlı bir şekilde hain saldırıyı düzenledikleri belirlenen kalleşlerin ülke yönetimini ele geçirdikten sonra İstanbul Emniyet Genel Müdürlüğü'ne geçireceği Mithat Aynacı'nın operasyonların başladığı sırada Vatan Caddesi'nde tankın içerisinde hazırda bekletildiği belirlendi. Bir kaç yıl önce Güvenlik Şube Müdürü ve 1. Sınıf Emniyet Müdürü olan Mithat Aynacı, tankın içinde yakalanarak nezarethaneye atıldı.
