Doğu ve Güneydoğu'da işlenen faili meçhul cinayetlerde adı hep gündeme gelen ancak hakkında açılan davalarda varlığı hep reddedilen JİTEM, bizzat kurucularından olan Binbaşı Cem Ersever'in 1993 yılında öldürülmesi olayında varlığının kabul edildiği ortaya çıktı. Cinayet dosyasında Ersever'in öldürülme şeklinden de yola çıkılarak JİTEM'deki eski göreviyle bağlantılı olarak öldürüldüğü ifade edildi. Jandarma tarafından hazırlanan ancak halen aydınlatılamadığı için kapatılamayan cinayet dosyasında Ersever'den “JİTEM Grup Komutanlığı'ndan emekli Binbaşı” diye bahsedildiği ortaya çıktı.
Ergenekon'un tutuksuz sanıklarından Arif Doğan'ın “JİTEM'i ben kurdum. 10 bin kişilik çekirdek kadro var” açıklamalarının ardından kamuoyunda JİTEM'in varlığı tekrar tartışılmaya başlandı. Yaşanan bu tartışmalar sırasında Arif Doğan gibi JİTEM'in kurucularından sayılan Cem Ersever'in cinayet dosyasında kendisinden “JİTEM Grup Komutanlığı'ndan emekli binbaşı Ahmet Cem Ersever” diye bahsedildiği görüldü. Söz konusu dosyada o yıllarda Ersever cinayetinin faili meçhul kalmaması ve aydınlatılması için 'dar kapsamlı bir araştırma yapıldığı' ileri sürüldü. JİTEM'in rutin dışı faaliyetlerini kamuoyuyla paylaşacağı ifade edilen Cem Ersever 24 Ekim 1993'te Ankara'ya geldikten sonra kaybolmuş ve 4 Kasım 1993'te başından vurulmuş halde bulunmuştu.
