Şemdinli davasında 'karar' olarak yer alan 'emir komuta zinciri' ve 'çete' suçlaması, Savcı Sarıkaya'nın iddianamesinde aynen vardı. Tek farkı, savcının olayları 'isimlendirmesi'
Görevden alınan Savcı Ferhat Sarıkaya'nın Şemdinli iddianamesinde isim vererek yaptığı net suçlamalar, gerekçeli kararda farklı bir üslupla yinelendi. "O zaman savcı neden görevden alındı" sorusu gündeme geldi. Şemdinli olaylarıyla ilgili soruşturmayı yürüten Van Cumhuriyet Savcısı Ferhat Sarıkaya, hazırladığı iddianamede, jandarma mensubu olan sanıkların polis bölgesinde görev yapamayacağına dikkat çekmiş, yapacakları görevin kendilerine üst rütbedeki komutanları tarafından "emir komuta zinciri" içinde verildiğini, dolayısıyla bir suç işlendiyse onların da sorumluluğu bulunduğunu yazmıştı. İddianamede aralarında bugünkü Kara Kuvvetleri Komutanı Org. Yaşar Büyükanıt'ın da bulunduğu komutanlar "isimleriyle" sayılmış; konuyla ilgili işlemin yapılması için askeri savcılık işaret edilmişti.
Savcı Sarıkaya, "iddianamede sınırları aştığı" gerekçesiyle Hakimler ve Savcılar Yüksek Kurulu'nca meslekten ihraç edildi.
Gerekçeli kararda, "sanıkların polis alanında mülki amire ve savcılığa bilgi vermeden çalışma yürüterek" güvenlik güçleri arasındaki koordinasyon gereklerine uymadıkları ve 'yasadışı çalıştıkları' vurgulanıyor ve bunun 'emir komuta zinciri dışında olamayacağı' belirtiliyor. Kararda, 'adam öldürme' suçunun da emir komuta zinciri içinde değerlendirildiği şöyle anlatılıyor: "Adam öldürme suçu öncesinde, suçun işlendiği sırada ve sonrasındaki olaylar birlikte değerlendirildiğinde, askeri bir emir komuta zinciri içinde bulunan sanıkların böylesi bir eylemi terör eylemlerinin yoğun olarak yaşandığı bir bölgede tek başlarına planlamaları ve uygulamaları olanak dışıdır."
