Hayden, terör zanlılarının, sorgulama yöntemlerinin pek de sorgulanmadığı ülkelerde bulunan gizli cezaevlerine nakledilmesi programını savunduğu açıklamasında, söz konusu programları "yasal" ve "değerli" olarak niteledi.
Chicago'da açıklamalarda bulunan Hayden, "söz konusu olan sınırlı programlardır, titizlikle yürütülen operasyonlardır" dedi ve
tutuklananların en az üçte birinin özel sorgulama yöntemlerine tabi tutulduğunu kaydetti. CIA Başkanı, Mayıs 2006'da göreve geldiği zaman sorgulama yöntemlerinin aydınlatılmasının önceliklerinin başında geldiğini de belirterek CIA'nın, yasal sınırları belirlemek konusunda Amerikan Kongresi ve Adalet Bakanlığı ile yoğun müzakereler yürüttüğünü açıkladı. Hayden, "sorgulama yaptığımızda, sadece sorgulanan kişinin sağlık ve fiziksel durumundan sorumlu ajanlar da hazır bulunuyor ve bu kişiler sorgulamanın sona erdirilmesi yetkisine sahip" dedi.
