Devletin içine sızan paralel yapı, Türkiye'ye ekonomi başta olmak üzere birçok alanda zarara uğrattı. 120 milyar dolar Türkiye'yi ekonomide sıkıntıya sokan paralel yapı, Oslo görüşmelerini sızdırarak çözüm sürecine sekteye uğratmaya çalıştı. Yine ayı şekilde paralel yapı, milli projelerinin hayata geçilmesinin önüne geçmeye çalıştı. ÖSYM sınavlarında tüm soruları çalan paralel yapı, kendi elemanlarını devlet kademelerine yerleştirdi. Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan'ın Başbakanlığı döneminde yapmış olduğu konuşmaları dinleyen paralel yapı, aynı şekilde devletin üst kademelerinde görevli personelleri de dinledi. Tüm bu dinlemeleri ise yabancı devletlere aktardı. Paralel yapı bunlarla da kalmayıp, Dışişleri Bakanlığı'nda yapılan gizli Suriye zirvesini dinleyerek sızdırdı.
Ekonomiden bürokrasiye kadar her alanda tahribata neden olan paralel yapının ülkeye verdiği zararlar şunlar: Gazze'deki ablukayı delmek için yola çıkan Mavi Marmara gemisine yapılan saldırı sonrası örgüt lideri Gülen, uluslararası sularda başlarından vurularak infaz edilen yardım görevlilerinin “Neden İsrail'den izin almadığını” sorgulayarak, “İsrail onayı olmadan hareket edilmesini başkaldırı” olarak niteledi. Örgüt, daha sonra ise İsrail aleyhine açılan ve uluslararası arenada İsrail'i zor durumda bırakan Mavi Marmara'da hayatını kaybedenlerin yakınları “terörist” diye dinledi. Bu dinlemeler İsrail'e servis edildi.
Yapı, çözüm sürecini sekteye uğratmak için de elinden geleni yaptı. Doğu ve Güneydoğu'da Kürt halkını ayaklandırmaya çalışan Paralel yapı bölgedeki faaliyetlerini artırdı. Örgütün 4 aşamalı planı istihbarat birimleri tarafından deşifre edildi. Bu kapsamda Paralel yapı, 'Kürtleri hükümete karşı kışkırtmak', 'Çözüm sürecine inancı azaltmak', 'Şok eylemlerle çatışma ortamı yaratmak' ve tüm bu aşamaların sonunda 'çözüm sürecini bitirmek' olarak 4 aşamadan oluşan planı devreye sokmaya çalıştı.
Paralel yapının gazetesi Zaman'da “İsrail'de MİT paniği” başlığıyla haber verildi. Haberde, “Fidan'ın atanmasıyla birlikte hem iki ülke arasındaki istihbarat değişimi büyük zarar görecek, hem de İsrail, Türkiye aleyhtarı ülke ve örgütlerden topladığı istihbari bilgileri Türkiye'ye vermeyecek” denildi. Haberin arından 1 Ağustos 2010 İsrail Savunma Bakanı Ehud Barak da “ Fidan'ın İran'a bilgi sızdırma ihtimalinden” bahsederek karalamalarda bulundu. Haber de Cemaat medyasında genişçe yer aldı.
Paralel yapı ekonomide Türkiye'yi büyük zarara uğrattı. Paralel yapının hükümete karşı kurduğu kumpaslarla Türkiye'de ciddi manada ekonomik kayıplara yol açtı. 17-25 Aralık darbe girişiminin Türkiye'ye maliyeti 120 milyar dolar oldu. Havaya uçan söz konusu 120 milyar dolar ile 3. köpkü ayarında 50 tane köprü, 10 tane ise 3. havalimanı büyüklüğünde uluslararası havaalanı inşaa edilebiliyor.
Paralel yapının ''askeri casusluk davası'' isimli kumpasla devlet içinde yeni bir devlet kurmaya çalıştığı, paralel olmayan her bürokrata karşı sahte ve uydurma delillerle nasıl bir kumpas kurduğu ortaya çıktı. Askeri casusluk davası ile birçok üst düzey bürokrat fişlendi, mağdur oldu.
Milyonlarca kişiyi yasadışı olarak dinleyen paralel yapı, devletin önemli kurumları olan TÜBİTAK ve TİB'i de dinledi. Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan'da dinlenenler arasındaydı. Erdoğan'ın ofisine örgüt elemanları tarafından böcek yerleştirildi. Böceklerin yerleştirilmesinin ardından Erdoğan'ın ofisinde yaptığı tüm görüşmeler kayıt altına alındı. Süper Bilgisayarlar tarafından kayıt altına alınan görüşmeler, başka ülkelere servis edildi. Türkiye Cumhuriyeti'nin tüm bilgileri bu şekilde servis edildi. Daha sınra Erdoğan tarafından kullanıldığı belirlenen üç adet kriptolu telefonun şüpheliler tarafından dinlendiği tespit edildi. Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan'ın Başbakan olduğu dönemde kriptolu telefonlarının dinlenmesinin ardından, TÜBİTAK tarafından yüksek güvenlikli yeni kriptolu telefonlar yapıldı. Dışişleri Bakanlığı'nda, yapılan “Suriye Zirvesi”ndeki konuşmalar da, paralel yapı tarafından dinlenildi.
Kapatılmalarına karar verilmesinin ardından paralel yapının darbe çalışmalarına hız verdiği dershanelerin, örgüt yapılanmasında sadece finans ve insan kaynağı olarak değil aynı zamanda istihbarat faaliyetinde de kullanıldığı ortaya çıktı. Yemek yemek veya iftar açmak için dershanelerde okuyan öğrencilerin evlerine giden öğretmen ve belletmenler burada öğrenci ailelerini fişledi. 'Belletmen' adıyla görev yapan ancak kurumlarla resmi bir bağı bulunmayan örgüt mensupları öğrencilerin ailelerinin sosyo-kültürel özelliklerine yönelik fişleme çalışması yaptı.
Paralel yapının 2004 yılından bu yana ÖSYM'nin yaptığı bütün sınavların sorularını çaldığı ortaya çıktı. KPSS operasyonları sırasında soruşturma derinleştirildikçe, yapının yalnızca 2010 KPSS sorularına değil, 11 yıldır ÖSYM'nin bütün sorularına ulaştığı ortaya çıktı.Kapalı devre olması gereken bilgisayarlara dışarıdan ulaşılabildiği tespit edildi. Özel bir programla ÖSYM bilgisayarlarına ulaşan Paralel yapının ÖSYM'nin yaptığı tüm sınav sorularını ele geçirdiği anlaşıldı. Polis Akademisi ve Kolejleri'nin kapatılmasına neden oldu.
Paralel yapı, Türkiye'nin milli projelerde uygulamaya soktuğu birçok çalışmayı da zarara uğratmak istedi. HAVELSAN, TUSAŞ, Savunma Sanayii Müsteşarlığı, TÜBİTAK gibi kurumlarda yerli savunma sanayii üretiminde çalışan kişiler dinlendi. Dışa bağımlı savunma sanayiinden kurtulmak için önemli projeler üzerinde çalışan kurumların yetkililerinin dinlenmesi, milli savunma sanayinin hedef alındığını ortaya koydu.
Uludere'de yaşanan acı olay sonrası FETÖ'nün hedefinde Milli İstihbarat Teşkilatı vardı. İran'a bilgi sızdırmakla İsrail'in suçladığı MİT Müsteşarı Hakan Fidan, 7 Şubat 2012'de açıkça hedef gösterildi. Örgütün yargı içerisine yerleştirdiği Özel Yetkili Savcıları, eski MİT Müsteşarı Emre Taner, eski Müsteşar Yardımcısı Afet İnan'ı da Fidan ile birlikte ifadeye çağırıyordu. Bu haber Paralel Yapı medyasında geniş geniş yer bulurken, MİT - KCK ilişkileri de Paralel Yapı'nın televizyon kanallarının en uzun süren tartışma programlarının ana malzemesi oldu. Sayısız iddia ve iftira gündemden düşmedi.
Paralel yapı, Oslo'da gerçekleşen görüşmelerin ses kaydını da gazeteleri vasıtasıyla sızdırdı. Çözüm sürecinin önemli dönüm noktalarından biri olarak gösterilen Oslo görüşmeleri yabancı bir gizli servisin paralel yapıyı kullanarak servis ettirdiği uzun süre konuşuldu.
17 Aralık'ın ardından MİT'in Suriye'deki Bayırbucak Türkmenlerine gönderdiği lojistik yardım TIR'ları 19 Ocak 2014 günü yapılan operasyonla Adana'da durduruldu. Operasyon gizli tutulması gererkirken, paralel yapı operasyonu anında medyaya servis etti. Paralel yapı, düzenlediği bu operasyonla, Suriye'de yaşam savaşı veren Bayırbucak Türkmenleri'ne yardım gitmesini engelledi.
