AB uyum kanunları arasında bulunan Vakıflar Kanunu Tasarısı, Adalet Alt Komisyonu'nda kabul edildi. AB'nin, cemaat vakıflarına yönelik olarak yapılmasını istediği düzenlemeler ise tasarıda yer almadı. Vakıflar Kanunu Tasarısı'nın yasalaşması halinde cemaat vakıflarına büyük miktarlarda gayrımenkul iade edileceğinin iddia edilmesine karşın, iade edilecek gayrımenkul sayısının 35 ile sınırlı olduğu ortaya çıktı. Ancak iade edilecek gayrımenkuller ile bu gayrımenkulleri alacak 9 vakıf ise gizleniyor.
Cemaat vakıflarının kanunun yürürlüğe girmesinden sonraki 18 ay içinde müracaat etmeleri gerekiyor. Bu maddeye eklenen 'halen' kelimesi ile sadece tapuda kayıtlı olan gayrımenkullerin iade edilmesi imkanı tanyor. Vakıflar Kanunu Tasarısı'nın kanunlaşması halinde birçok gayrımenkulun cemaat vakıflarına iade edileceği savunuluyordu. Vakıflar Kanunu Tasarısı'nın yasalaşması halinde daha önce kilise olmasına rağmen cami yapılan bazı ibadethanelerin yeniden kiliseye dönüşebileceği endişesi gündeme getirildi. Ancak yapılan araştırmada tasarının kanunlaşması halinde yeniden kiliseye dönüştürelecek cami olmadığı belirlendi. Tartışmaların merkezindeki Ayasofya'nın ise Fatih Sultan Mehmet Vakfı adına kayıtlı olduğu belirlendi.
