1911 yılında Vefa ve Mercan idadileri tarafından faaliyete geçirilen Süleymaniyespor, Türkiye 1. Ligi kurulmadan önce uzun yıllar İstanbul 1. Ligi'nde Galatasaray, Beşiktaş, Fenerbahçe gibi kulüplere karşı başarıyla mücadele etti. Türkiye'de profesyonelliğe geçilmesinin ardından 1970-1971 sezonunda 3. Lig'e çıkan Siyah-Beyazlı ekip 1976-1977 sezonunda yeniden amatöre döndü. Kulüp bu arada Sirkecispor'la birleşti ve Süleymaniye Sirkecispor ismini aldı.
1981-1982 sezonunda amatör ligde başarılı olan Siyah-Beyazlılar, o dönem 3. Lig olmadığı için doğrudan 2. Lig'e alındı. Burada 3 sezon oynayan Süleymaniye Sirkecispor, 1984-1985 sezonun sonunda Alibeyköyspor'la birlikte 3. Lig'e düştü.
3. Lig'de belli bir istikrar yakalayan Süleymaniye Sirkecispor 1990-1991 sezonu başında, o dönem İstanbul 1. Amatör Lig'de oynayan Küçükçekmecespor'la birleşti. Kulübün renkleri yeşil-beyaz olurken logodaki kuruluş tarihi Süleymaniyespor'un kuruluş yılı olan 1911 olarak kaldı. Kulüp Süleymaniye Küçükçekmecespor olarak 1990-1991 sezonunda 3. Lig'de şampiyon olarak 2. Lig'de çıktı. Burada geçen iki sezonun ardından kulüp yeniden 3. Lig'e düştü. 1998-1999 sezonunda 3. Lig'den de düşen kulüp İstanbul 1. Amatör Lig'de geçen yılların ardından 2004-2005 sezonunda 3. Lig' çıktı.
2007-2008 sezonunda Küçükçekmecespor yeniden amatöre dönmenin acısını yaşadı. 2008-2009 sezonunda İstanbul Süper Amatör Lig'de çok büyük sıkıntılar yaşasalar da düşmekten son haftalarda kurtuldular.
2009-2010 sezonunda İstanbul Süper Amatör Lig'de başarılı olan Küçükçekmecespor grubunda ilk ikiye girip 3. Lig'e yükselme maçlarına katıldı ancak ilk kademe finalinde Kocaeli Çenesuyu Plajyoluspor'a sürpriz bir şekilde elendi. Takım 3. Lig'e çıkamasa dao yıl kurulan Bölgesel Amatör Lig'e alındı.
2010-2011 sezonunda Bölgesel Amatör Lig 11. Grup'ta Keşanspor ve Altınova Belediyespor'la amansız bir mücadeleye girişen Yeşil-Beyazlılar, en yakın rakibi Altınova'nın 1 puan önünde ipi göğüsledi ve 3. Lig'e çıktı.
Küçükçekmecespor'un yeni 3. Lig macerası en kısa olanıydı. Ekonomik sıkıntıların baş gösterdiği kulüp uzun süre düşme hattında yer aldı. Son haftalarda üst üste üç galibiyet umutları son maça taşırken Karsspor deplasmanında alınan 3-0'lık yenilgi İstanbul temsilcisini yeniden amatör lige gönderdi.
2012-2013 sezonunda Bölgesel Amatör Lig 9. Grup'ta yer alan Küçükçekmecespor çok iyi bir başlangıcın ardından Kestel ve Mudanya yenilgileriyle aksamaya başladı. 13. Haftada iç sahadaki Ayvalıkgücü mağlubiyeti sonun başlangıcı oldu. Takım son 12 maçında 9 yenilgi, 1 beraberlik alırken ligi de 10. Sırada bitirdi. Yeşil-Beyazlılar düşme hattında olmasalar bile statü gereği İstanbul Süper Amatör Lig'den bir ekiple baraj maçı yaptılar. Selimiyespor'la oynanan baraj maçında 4-0'lık hezimet, Küçükçekmecespor'un Süper Amatör Lig'e düşmesi demek oluyordu.
2013-2014 sezonunda İstanbul Süper Amatör Lig 4. Grup'ta yer alan Küçükçekmecespor çok genç bir kadroyla mücadele etti. Maddi sıkıntılar nedeniyle transfer yapamayan Yeşil-Beyazlı ekip sezon soyunda düşme hattında yer aldı. Son haftalarda takım, genç isimlerin gayretleriyle biraz toparlanarak umutlansa da düşmekten kurtulamadı. Eğer son hafta sahalarında Modafen'i yenseler kalacaklardı, 1-0 mağlup oldular.
Küçükçekmecespor gelecek sezon İstanbul 1. Amatör Lig'de mücadele edecek. Evet, Yeşil-Beyazlılar daha önce de '1. Amatör'de mücadele etmişti ancak o dönem 1. Amatör'ün üstündeki lig 3. Lig'di. Şimdiyse Küçükçekmecespor ve 3. Lig arasında iki seviye daha var ve kulüp tarihinin en karanlık günlerini yaşıyor.
