2005 yılında üniversitesinde Başbakan Tayyip Erdoğan'ın konuştuğu açılışa katılmayan Abant İzzet Baysal Üniversitesi eski Rektörü Prof. Dr. Yaşar Akbıyık, yaptığı protestoya üzüntüsünü aradan 3 yıl geçip, görevden ayrıldıktan sonra dile getirdi. Akbıyık, Yeni Şafak'a protesto talimatını YÖK eski Başkanı Prof. Dr. Erdoğan Teziç'in verdiğini açıkladı.
Akbıyık konuyu 5 kişinin katıldığı bir yemekte konuştuğunu ve Teziç'in de açılışa Başbakan'ın davet edilmesine karşı çıktığını söyledi. Teziç'in “Siyasileri çağırmayın” dediğini anlatan Akbıyık, “O zaman vakıftan yaklaşık 3 trilyon para geliyordu. Sayın Teziç'e bunu söyledim. 'Vakıf başkanı Ahmet Bey bastırıyor. Programa katılmazsam bu para kesilir' dedim. O da 'Kesilsin, ben sana para bulurum' dedi ve bu talimatı verdi.”
İzzet Baysal Vakfı Başkanı Ahmet Baysal'ı Başbakan Erdoğan'ı sadece Tıp Fakültesini gezdirme ve protokol konuşması yaptırmama konusunda ikna etmeye çalıştığını aktaran Akbıyık, şunları söyledi: “Ahmet Bey direnince Sayın Teziç'in bu konuda olumsuz düşündüğünü belirttim. O da 'Ben YÖK Başkanı ile konuşurum' dedi. Israrla arayacağını ve YÖK Başkanını ikna edeceğini söyledi. Ben sonra YÖK Başkanına durumu aktardım. 'Ahmet Bey sizi arayacak' deyince 'Görüşmem' dedi. Cumhurbaşkanına bile bir telefonda ulaşan Vakıf Başkanı Teziç'e telefonla ulaşamadı. Orada ipler koptu.”
Prof. Akbıyık o dönemde Başbakan'ı karşılamamasını, 'Üniversiteler, Atatürkçü düşünceyi özümsemiş, laik Cumhuriyet ilkelerinin yer bulduğu kurumlardır' ifadesiyle açıklamıştı. Olayın ardından katıldığı öğrenci şenliğinde hükümet aleyhine sloganlar eşliğinde konuşan Akbıyık, 'öğrencilerimin bizleri anlaması çok güzel' dedi. Olaydan bir yıl sonra 2006'da ikinci kez rektörlük seçimine giren Akbıyık 171, Atilla Kılıç 97 oy aldı. Ancak YÖK, Akbıyık'ı 3. sıraya düşürerek Çankaya'ya gönderdi. Cumhurbaşkanı Sezer de Kılıç'ı rektör atadı. Akbıyık, talimatıyla hareket ettiği YÖK Başkanı Teziç ve Sezer tarafından 'veto' edilmesinin ardından sessiz kalmayı yeğledi.
