İddianamede, FETÖ/PDY’nin yapısı, işleyişi, mali kaynakları, kamu kurumlarına sızma stratejisi, örgütten olmayanlar üzerinde oluşturduğu baskı ve darbe girişimiyle ilgili bağlantılar gibi ayrıntılara yer verildi. Ali Semerci’nin, terör örgütünün Kara Kuvvetleri Komutanlığı’nda, uzman çavuşlardan generallere kadar mahrem yapılanmanın “en üst düzey sorumlusu” olarak “Hacı Murat” kod adıyla yönetici konumda faaliyet yürüttüğü ifade edilen iddianamede, sanığın FETÖ tarafından verilen, başkaları adına kayıtlı, kamuoyunda “patates hat” olarak bilinen 3 “operasyonel hat” kullandığı belirtildi.
- İddianamede, terör örgütünün mahrem imamlarınca MİT’e ait TIR’ların durdurulması ve aranması için “karar kurulu” oluşturulduğu, Semerci’nin de bu toplantılara “karar kurulu üyesi” sıfatıyla katıldığı ve eylemin birincil sorumluları arasında yer aldığı belirtildi. Semerci’nin, darbe girişiminin kilit isimlerinden firari Adil Öksüz ile irtibatının bulunduğu da iddianamede yer aldı. İddianamede, Semerci’nin 2014’ten itibaren örgütün gizli haberleşme programı ByLock’u kullandığı, 19 Haziran 2016’da yurt dışına kaçtığı ve bir daha Türkiye’ye dönüş yapmadığı bilgisine de yer verildi.