İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'nca yürütülen Fetullahçı Terör Örgütü'nün (FETÖ) mülkiye yapılanmasına yönelik soruşturma kapsamında, aralarında eski İstanbul Emniyet Müdürü Hüseyin Çapkın'ın da bulunduğu 4 kişi gözaltına alındı. İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı Terör ve Örgütlü Suçlar Bürosu Başsavcıvekili İsmail Uçar'ın koordinesinde, FETÖ'nün mülkiye yapılanmasına ilişkin yürütülen soruşturma kapsamında, yeni delillerin ortaya çıkması sonucunda harekete geçildi.
Savcılık, eski İstanbul Emniyet Müdürü Hüseyin Çapkın, bir merkez valisi ve 2 kaymakamın gözaltına alınmasına karar verdi. Talimatı alan polis ekipleri, Hüseyin Çapkın'ı, İzmir'in Çeşme İlçesi'ne bağlı Dalyan Mahallesi'nde bulunan Havacılar Sitesi'ndeki rezidansında gözaltına aldı. Soruşturma kapsamında daha önce gözaltına alınan eski İstanbul Valisi Hüseyin Avni Mutlu, 7 merkez valisi, 1 vali yardımcısı ve 3 kaymakam olmak üzere toplam 12 şüpheli tutuklanmıştı.
Soruşturma kapsamında tutuklanan İstanbul eski Valisi Hüseyin Avni Mutlu, 7 Şubat 2012 tarihinde MİT Müsteşarı Hakan Fidan'a kumpas kurulması ve bu olay ardından bazı müdürlerin görev yerlerinin değiştirilmesi olayı ile ilgili verdiği ifadesinde bir soru üzerine, “Ben emniyet müdürünün yakın çalışma arkadaşlarını onun gibi bilemem. Sorunun muhatabı İstanbul Emniyet Müdürü Hüseyin Çapkın'dır. Ben İstihbaratın başındaki emniyet müdür yardımcısını görevden aldım. Bunun altındaki yer değişikliğinin mahiyeti neden bu tür değişiklikler yapıldığının izahı il emniyet müdürü tarafından açıklanabilir” demişti.
Hüseyin Çapkın, İstanbul Emniyet Müdürlüğü görevini 29 Haziran 2009- 19 Aralık 2013 arasında yürüttü. Hüseyin Çapkın, İstanbul Emniyetinin başındayken FETÖ en kritik kumpaslara imza attı. 17-25 Aralık operasyonları, Çapkın döneminde yapıldı. MİT Müsteşarı Hakan Fidan'ın tutuklanmak istendiği 7 Şubat 2012 krizinde de başrol Çapkın'dı. Fenerbahçe Başkanı Aziz Yıldırım'ın tutuklandığı şike kumpasının emniyet tahkikatı da Çapkın döneminde yapıldı. Balyoz davasının delilleri de Çapkın döneminde İstanbul Emniyeti'nde hazırlandı.
