Hz. İsa'nın havarilerinden Barnabas'ın kaleme aldığı 'kayıp' İncil'in nerede olduğu tartışması yeniden alevlendi. Bazı araştırmacıların, Barnabas İncil'in 1983 yılında Uludere'de köylüler tarafından bulunduğu ve daha sonra Genelkurmay'a saklandığı yönündeki iddialarıyla ilgili Yeni Şafak'ın sorularını cevaplayan Genelkurmay Başkanlığı, 'Kayıtlarımızda herhangi bilgi veya belge yok' dedi. Vatikan'ın yasaklı kitaplar listesine aldığı belirtilen Barnabas İncili'yle ilgili Genelkurmay'ın açıklamasını değerlendiren Yeni Şafak yazarı araştırmacı Müfit Yüksel, İncil'in TSK'da olduğunu kesin olarak bildiğini ifade etti. Genelkurmay'ın ifadesinin iki amacı olabileceğini anlatan Yüksel, 'Ya İncil'in varlığını gizliyorlar ya da bir şekilde elden çıkardılar. İncil en son Genelkurmay muhafazasındaydı. Akıbetiyle ilgili Genelkurmay sorumludur' dedi.
1984 yılının Ekim ayında İncil'in varlığından haberdar olduğunu vurgulayan Yüksel, "Alınması için uğraşılıyordu. Bu çalışmalar sırasında jandarma İncil'i ele geçirdi' dedi. Jandarmaların İncil'i daha sonra Sıkıyönetim Komutanlığı'na teslim ettiğini ifade eden Yüksel, 'El yazması İncil 2,5 yıl Sıkıyönetim Komutanlığı'nın kasasında tutuldu. Ardından Ankara Dil ve İstihbarat Okulu'na, sonra da karargaha alındı. Genelkurmay'ın İncil ile alakalı bilgi ve belge bulunmadığına yönelik açıklamasının temeli yok' ifadelerini kullandı. Yüksel, 'İncil eğer Genelkurmay'da bulunmuyorsa ya Vatikan'a, Batılılara verildi. yada satıldı. Elden çıkarabilmek kolay değil fakat arşivlerde yoksa başka ihtimal kalmıyor' diye konuştu.
Kayıp Kitap Barnabas'ın Sırrı kitabının yazarı gazeteci Aydoğan Vatandaş ise 'Genelkurmay bu İncil'in kendi ellerinde olmadığını söylüyorsa, o halde nerede olduğunu açıklasın' dedi. 'Bu iddianın sahibi öncelikle İncil'i Özel Harp Dairesi'nin gözetiminde tercüme ettiğini söyleyen Dr. Hamza Hocagil ve yine konuyu 1980 ortalarından bu yana takip eden Araştırmacı yazar Müfit Yüksel'dir' diyen Vatandaş, 'Müfit Yüksel zaman içerisinde bu İncil'le ilgili bazı generallerle görüşmeler yaptığını da bir çok kez ifade etti. 2005 senesinde Özel Kuvvetler Komutanlığı'nın İstanbul'da bulunan karargahlarına bu konuyla ilgili görüşmek üzere davet edildiğimi açıklamıştım. Bu İncil'in 1984 yılında devletin eline geçtiğini gösteren kayıtlar mevcut' dedi. Vatandaş, şunları kaydetti: Genelkurmay'ın bugün açıklama yapmasını gerekli kılan iki önemli olay var. Birincisi Muhsin Yazıcıoğlu suikastı. İkincisi de İran Milis Güçleri'nin haber ajansı olan Basic'in bu İncil'in Türk Genelkurmay'ının elinde olduğunu iddia etmiş olmasıdır. ABD ve İsrail'in yakın zamanda saldıracağından çekinen İran, 'Siz asıl Türkiye'ye bakın, altınızdaki halıyı çekebilecek güç orada' mesajı verdi.'
