Bayındırlık ve İskan Bakanlığı'nda yürütülen Vurgun Operasyonu'nun boyutları her geçen gün büyüyor. Bakanlık bünyesinde görevli 18 bürokratın soruşturmayı yürüten Ankara DGM Savcısı Cengiz Köksal'ın talimatı ile gözaltına alınması soruşturmaya yeni bir boyut kazandırdı. Müteahhitler ve bürokratların ifadelerinde, bazı ihalelerin Bayındırlık ve İskan Bakanlığı Müstaşarı Ali Helvacı ve Müsteşar Yardımcısı ve aynı zamanda Bakan Koray Aydın'ın bacanağı olan Raci Akyol'ın sözlü talimatlarından bahsetmesi çeşitli soruları da beraberinde getirdi.
Bayındırlık ve İskan Bakanı Koray Aydın'ın göreve getirdiği Müsteşar Ali Helvacı ve Müsteşar Yardımcısı Raci Akyol'un imza yetkilerini DGM Savcılığı tarafından gözaltına alınan Müsteşar Yardımcısı Sedat Aban'a devrettikleri ortaya çıktı. Helvacı ve Akyol'un imza yetkilerinin neden Müsteşar Yardımcısı Sedat Aban'a devrettikleri gizemini koruyor. Soruşturmadaki bir başka karanlık nokta ise, Bakan Koray Aydın'ın göreve geldikten sonra bakanlıktaki tüm üst düzey bürokratları görevden almasına rağmen, gözaltına alınan Müsteşar Yardımcısı Sedat Aban'ı, Yapı İşleri Genel Müdürlüğü görevinden terfi ettirerek, Müsteşar Yardımcılığı görevine getirmesi oluşturuyor. Bu nedenle Müsteşar Yardımcısı Sedat Aban'ın ifadelerinin soruşturmayı farklı bir kulvara kaydıracağı ifade ediliyor.
Vurgun Operasyonu ile ilgili bir başka karanlık nokta da Bakanlar Kurulu'nun Marmara ve Düzce depremlerinden sonra çıkardığı iki kanun hükmünde kararnamede düğümleniyor. 23 Eylül 1999 tarihinde çıkarılan 576 sayılı KHK ile 22 Kasım 1999 tarihinde çıkarılan 582 sayılı KHK'da Bayındırlık ve İskan Bakanlığı'nın deprem bölgesinde yapacağı yatırımların Sayıştay denetimine tâbi olmayacağı hükmü getirildi. Bayındırlık Bakanlığı'nın bu KHK'dan sonra deprem bölgesine de ne kadar yatırım yaptığı tam olarak bilinmiyor. Her iki kararnamenin yayınlanmasının ardından Sayıştay'ın Başbakanlığa yazılı bir uyarı göndererek, Bayındırlık ve İskan Bakanlığı'nın depremle ilgili harcamalarının Sayıştay denetiminin dışına çıkarılmasının Anayasa'ya aykırı olduğunu vurguladığı da ortaya çıktı. Sayıştay'ın bu uyarısına rağmen ihalelerin devam ettiği iddia edilirken, bu KHK'ların soyguna kılıf hazırlamak için mi çıkarıldığı soruları gündeme geldi.
