Boğaz'a hâkim sırtta, yeşillikler arasında yer alan Yahya Efendi Dergâhı, İstanbul'un en huzurlu mekânlarından biri. Doğal çevreyle uyumlu bir mimarisi olan dergâh, şehrin keşmekeşinden sıkılıp ruhunu arıtmak isteyenlerin uğrak yeri.
Beşiktaş ile Ortaköy arasında, Boğaz'a hakim sırtta yer alan Yahya Efendi Dergâhı İstanbul'un manevi merkezlerindendir. Kanuni Sultan Süleyman'ın süt kardeşi Şeyh Yahya Efendi tarafından 1538 yılında kurulan dergâh; tekke, mescit, tevhidhâne, medrese, hamam, çeşme, türbe, mezarlık ve evlerden oluşuyor. Doğal çevreyle uyumlu bir mimarisi olan dergâhta; bütün bu yapılar iç içe geçmiş vaziyette yer alıyor. Eskiden sefere giden denizcilerin huzur ve dua kapısı olan dergâh, günümüzde de İstanbul'un en huzurlu mekânlarından biridir.
Dergâhın Kurucusu Yahya Efendi, 1495 yılında Trabzon'da doğar. Aynı tarihte Yavuz Sultan Selim de Trabzon valisidir. Oğlu Şehzade Süleyman, Yahya Efendi'nin doğduğu hafta dünyaya gelir. Şehzade Süleyman'ın annesi Hafsa Sultan'ın sütü azdır. Bu yüzden, onu da Yahya Efendi'nin annesi Afife Hatun emzirir. Böylece Kanuni'yle Yahya Efendi süt kardeş olurlar. İlk derslerini Trabzon Kadısı olan babası Ömer Efendi'den alan Yahya Efendi, İstanbul'a geldiğinde ilk önce Anadolu Kavağı'nda bir çilehanede kalır. Oradan da kendisinden sonra Yuşa Tepesi olarak adlandırılacak olan bölgeye yerleşir. (Hz. Yuşa'nın makamını Yahya Efendi'nin bulduğu rivayet ediliyor.) İstanbul'da sürekli ilim meclislerine katılır. Zamanın müderrislerinden dersler alır ve nihayet, Yavuz ve Kanuni dönemlerinin meşhur âlimi Şeyhülislam Zenbilli Ali Efendi'ye intisab eder.
Matematik, geometri ve astronomiyi çok iyi bilen, aynı zamanda iyi bir şair olan Yahya Efendi, Zembilli Ali Efendi'nin vefatı üzerine, hocasının yerine Canbâziye Medresesi'nde müderrisliğe başlar. Bu arada Beşiktaş'ta satın aldığı araziye bir ev ve mescit yaptırır. Eğitimcilik hayatına farklı medreselerde yükselerek devam eden Yahya Efendi'ye süt kardeşi Kanunî Sultan Süleyman büyük ilgi gösterir. Tâ ki Şehzade Mustafa olayına kadar. Yahya Efendi, Fatih Medresesi'nde müderrislik yaptığı sırada, sarayda siyasi çalkantılar yaşanır ve Şehzade Mustafa boğdurulur, annesi Mahidevran Gülbahar Hatun da saraydan çıkarılır. Olay bütün ülkede matem havası estirir. Tabii bu duruma Yahya Efendi de kayıtsız kalmaz. Padişaha olan yakınlığına da güvenerek bir mektup yazar ve yapılan hareketin yanlış olduğunu bildirerek, Gülbahar Hatun'un tekrar saraya alınması için Kanuni'den şefkat ve merhamet ister. Fakat süt kardeşinden beklemediği bir tavır görür. Kanuni, Yahya Efendi'nin bu hareketini cüret ve saygısızlık olarak telâkki eder ve onu görevinden alarak emekliye ayırır. Bu duruma içerleyen büyük veli, bundan sonra Beşiktaş'taki evi ve mescidinde inzivaya çekilir ve kalan ömrünü dergâhında ilim öğreterek, tefekkür ve zikirle geçirir. 1569 yılında bir Kurban Bayramı gecesi Hakk'a yürür. Cenaze namazını, Süleymaniye'de bayram namazı sonrasında Şeyhülislam Ebussuud Efendi kıldırır. Sultan 2. Selim, büyük bir muhabbet beslediği Yahya Efendi için dergâhın içinde Mimar Sinan'a bir türbe yaptırır.
Döneminin saygın âlimleri arasında yer alan, vefatından sonra da ünü devam eden Yahya Efendi'nin, denizcilikle ilgili bir çok hikâyesi vardır. Denizciler onun İstanbul Boğazı'nın dört manevi bekçisinden biri olduğuna inanırlar. Bu manevi bekçilerin diğerleri; Üsküdar'da Aziz Mahmut Hüdai, Beykoz'da Yuşa Peygamber ki onun kabrini de Yahya Efendi'nin bulduğu söylenir, Sarıyer'de Telli Baba'dır. Yahya Efendi Dergâhı'nın çevresini kuşatan büyük mezarlıkta, onunla komşu olmak isteyenlere ait binlerce mezar bulunur. Bunların arasında denizcilerin çokluğu dikkat çeker.
